Cụ thể, giai đoạn 1, cải tạo và sắp xếp hoạt động các bến thủy nội địa hiện hữu theo hướng: cầu bến C phục vụ cho các hoạt động công vụ; cầu bến B cải tạo cầu bến cho các phương tiện thủy ra, vào đón trả khách (không neo đậu) nhằm phục vụ hoạt động vận tải hành khách và du lịch bằng đường thủy, tàu nhà hàng; cầu bến số 1 tiếp tục sử dụng cho hoạt động tuyến buýt đường sông; cầu bến số 2, 3, 4 phục vụ các phương tiện thủy ra, vào đón trả khách (không neo đậu) nhằm phục vụ cho hoạt động vận tải hành khách và du lịch đường thủy, tàu nhà hàng; xây dựng cầu tàu mới tại khu Ba Son.
Về phương án kết nối giao thông khu vực trung tâm hiện hữu và công viên Bến Bạch Đằng bằng 2 cầu đi bộ, Sở Quy hoạch - Kiến trúc TPHCM đề xuất 1 cầu đi bộ qua công viên Bến Bạch Đằng ở cuối đường Hàm Nghi và 1 cầu đi bộ gần Bảo tàng Tôn Đức Thắng.
Giai đoạn 2, xây dựng đường ngầm Tôn Đức Thắng. Theo đó, đường ngầm gồm 3 tầng: tầng 1 có 6 làn xe và trung tâm thương mại hai bên đường; tầng 2 là trung tâm thương mại và bãi xe ngầm; tầng 3 là bãi giữ xe ngầm. Trong 6 làn xe ở lòng đường Tôn Đức Thắng (3 làn xe mỗi bên) sẽ có 4 làn xe phục vụ cho giao thông xuyên suốt, 2 làn còn lại để tiếp cận bãi đậu xe, trung tâm thương mại ngầm và đón trả khách. Đồng thời xây dựng, cải tạo 3 bến tàu mới thay cho các bến hiện hữu cuối đường Hàm Nghi và Nguyễn Huệ.
Ngoài ra, xây dựng tuyến monorail dọc công viên Bến Bạch Đằng phục vụ cho nhu cầu tham quan, ngắm cảnh của khách du lịch; cải tạo quảng trường trung tâm ở vị trí tượng Đức Thánh Trần thành công viên công cộng xứng tầm với trung tâm thành phố hiện hữu.
