Đáng chú ý, trong các tồn tại, thiếu sót và sai phạm trên các lĩnh vực, Thanh tra Chính phủ (TTCP) chỉ ra nhiều sai phạm trong công tác quản lý sử dụng đất và tình hình triển khai một số dự án đầu tư. Theo thanh tra, sau khi Luật Đất đai 2003, Luật Đất đai 2013, Luật Đầu tư 2014 cùng các văn bản hướng dẫn có hiệu lực thi hành, UBND tỉnh Đồng Nai đã kịp thời cập nhật và ban hành các văn bản hướng dẫn, chỉ đạo triển khai thực hiện theo thẩm quyền, qua đó phục vụ tốt cho công tác quản lý nhà nước về đất đai và đầu tư trên địa bàn…
Tuy nhiên, bên cạnh kết quả đạt được, công tác quản lý sử dụng đất và đầu tư xây dựng cũng còn bộc lộ một số hạn chế, thiếu sót với số tiền sai phạm đã xác định được là hơn 335 tỷ đồng. Bên cạnh đó, nợ tiền sử dụng đất, tiền thuê đất đến 31-12-2018 cần được đôn đốc thu nộp Ngân sách Nhà nước là hơn 153 tỷ đồng.
TTCP chỉ ra cụ thể các sai phạm chủ yếu, như: Quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất của tỉnh Đồng Nai và các đơn vị hành chính cấp huyện chậm được phê duyệt. Kết quả thực hiện nhiều chỉ tiêu quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất đạt thấp hoặc không đạt yêu cầu so với chỉ tiêu quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất được duyệt; kết quả triển khai các công trình, dự án đạt tỷ lệ thấp, có công trình, dự án không phù hợp với tình hình thực tê của địa phương phải loại bỏ, dừng đâu tư, phải điêu chỉnh quy hoạch hoặc chuyến tiếp sang kỳ quy hoạch tiếp theo; có 3 khu công nghiệp theo quy hoạch đến năm 2020 đã được Thủ tướng phê duyệt nhưng chưa được thành lập; một số dự án đầu tư chậm thực hiện các thủ tục đầu tư, không triển khai đầu tư, triển khai đầu tư không đúng tiến độ; một số dự án chưa được chủ đầu tư thực hiện ký quỹ theo quy định.
Bên cạnh đó, TTCP xác định, UBND tỉnh Đồng Nai giao đất với thời hạn sử dụng lâu dài tại một số dự án đầu tư không đúng quy định; quyết định điều chỉnh giảm diện tích đất đã giao và cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho chủ đầu tư Dự án Khu Liên hiệp xử lý chất thải rắn sinh hoạt, công nghiệp và nguy hại xã Bàu Cạn, huyện Long Thành không đúng quy định; giao đất công cộng có mục đích kinh doanh tại dự án Trung tâm thương mại, cao ốc văn phòng và căn hộ thị trấn Long Thành không đúng quy định.
UBND tỉnh Đồng Nai còn giao đất, cho thuê đất trồng lúa để nhà đầu tư thực hiện dự án nhưng trong quyết định không thể hiện cụ thể đất chuyên trồng lúa, dẫn đến gặp khó khăn trong việc xác định để thu tiền bảo vệ, phát triến đất chuyên trồng lúa theo quy định. Chưa dừng lại, UBND tỉnh Đồng Nai giao đất, cho thuê đất, chuyển mục đích sử dụng từ đất rừng sang mục đích khác để thực hiện 16 dự án đầu tư khi chủ đầu tư chưa lập phương án trồng rừng thay thế hoặc chưa nộp tiền trồng rừng thay thế là chưa đúng quy định.
Sai phạm còn được TTCP chỉ ra trong việc áp dụng phương pháp xác định giá đất và phê duyệt đơn giá đất cụ thể đối với 7 dự án đầu tư trên địa bàn tỉnh… Trách nhiệm đối với các hạn chế, thiếu sót nêu trên thuộc về Chủ tịch UBND tỉnh Đồng Nai và các Phó chủ tịch UBND tỉnh phụ trách lĩnh vực quản lý, sử dụng đất, đầu tư xây dựng; còn có trách nhiệm của các đơn vị Sở KH-ĐT, Sở TN-MT, Tài Chính, NN-PTNT và Cục thuế…
TTCP kiến nghị rà soát, xác định rõ diện tích đất chuyên trồng lúa được chuyển mục đích sử dụng tại các dự án đầu tư trên địa bàn tỉnh để tính thu tiền bảo vệ và phát triến đất chuyên trồng lúa theo quy định. Yêu cầu chủ đầu tư Dự án Đường cao tốc Bến Lức - Long Thành thực hiện trồng rừng thay thế với diện tích 12,46ha theo phương án đã xác định. Đồng thời, rà soát, thực hiện việc điều chỉnh đơn giá thuê đất đối với các hợp đồng thuê đất đã hết thời hạn ổn định 5 năm trên địa bàn tỉnh theo đúng quy định.
Rà soát, khẩn trương xác định tiền phải nộp đối với các dự án được gia hạn thời gian sử dụng đất trên địa bàn tỉnh theo đúng quy định. Rà soát, đôn đốc chủ đầu tư các dự án trên địa bàn tỉnh thực hiện việc ký quỹ đảm bảo đầu tư theo đúng quy định. Cùng với đó, đôn đốc các tổ chức, cá nhân có liên quan thu, nộp Ngân sách Nhà nước số tiền hơn 153 tỷ đồng là tiền nợ tiền sử dụng đất và tiền thuê đất tính đến 31-12-2018.