Trong quá trình giám sát hàng hóa lưu giữ tại cửa khẩu, nếu phát hiện hàng hóa không có nhãn mác, xuất xứ hoặc có nghi ngờ gian lận về số lượng, chủng loại, chất lượng, nguồn gốc thì thực hiện kiểm tra thực tế ngay tại cửa khẩu và chuyển thông tin đến chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai để xử lý theo quy định.
Đối với trường hợp doanh nghiệp có hành vi gian lận, trốn thuế hoặc mặt hàng nhập khẩu có nghi vấn về trị giá, nhãn hiệu, số lượng thì thiết lập tiêu chí, đưa vào diện “rủi ro cao” để áp dụng các biện pháp kiểm tra, kiểm soát phù hợp; đồng thời tiến hành kiểm tra sau thông quan để đánh giá mức độ tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp.
Bên cạnh đó, công chức hải quan cũng được chỉ đạo tăng cường kiểm tra, đối chiếu thông tin về tên hàng, chất lượng, nhãn hiệu, xuất xứ hàng hóa trên tờ khai hải quan với bộ chứng từ thuộc hồ sơ hải quan. Chẳng hạn như giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O), hóa đơn thương mại… các loại.
Trường hợp phát hiện người khai hải quan khai tên hàng hóa, xuất xứ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu không phù hợp với các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan, không phù hợp với thông tin về hàng hóa đã khai trên C/O… thì chủ động xử lý theo quy định. Thêm nữa, trường hợp nghi ngờ người khai hải quan khai xuất xứ hàng hóa không chính xác hoặc có dấu hiệu lợi dụng xuất xứ, ghi nhãn sản xuất tại Việt Nam để lẩn tránh các biện pháp phòng vệ thương mại, Cục Hải quan TP tiến hành xác minh tại cơ quan cấp giấy chứng nhận xuất xứ hoặc kiểm tra cơ sở sản xuất để xác định xuất xứ, nơi sản xuất của hàng hóa theo quy định; hoặc gửi hồ sơ về Tổng cục Hải quan để có hướng dẫn xử lý.