Bên cạnh những kết quả đạt được, ngành xuất bản, in và phát hành của thành phố còn tồn tại những vấn đề khó khăn như: vi phạm bản quyền, in lậu, hệ thống cơ sở vật chất phục vụ hoạt động của ngành chưa theo kịp với công nghệ mới, sự cạnh tranh giữa các đơn vị trong và ngoài nước, kinh doanh truyền thống với kinh doanh trực tuyến…
Vấn đề được quan tâm nhất tại hội nghị chính là tệ nạn sách giả tràn lan và công khai, đặc biệt là trên các kênh thương mại điện tử hiện nay.
Ông Lê Hoàng, Phó Chủ tịch Hội Xuất bản Việt Nam, đề nghị Sở TT-TT và các cơ quan chức năng cùng vào cuộc để đấu tranh một cách quyết liệt về hành vi vi phạm pháp luật này.
Theo đại diện Công an TPHCM, thời gian qua, các cơ quan chức năng thường xuyên kiểm tra, xử lý doanh nghiệp in, gia công sách giả và mong các đơn vị phát hành, chủ sở hữu của những xuất bản phẩm chủ động phối hợp với cơ quan chức năng trong việc điều tra, làm rõ những hành vi này.