Nguyên nhân chủ yếu dẫn đến tình trạng kháng thuốc chính là vấn nạn buôn bán, sử dụng thuốc tràn lan, thiếu kiểm soát. Không cần khám bệnh cũng không cần đơn thuốc của bác sĩ, ai cũng có thể dễ dàng ra nhà thuốc mua được nhiều loại thuốc khác nhau, kể cả những loại kháng sinh đặc trị. Trong hơn 5 năm qua, số lượng kháng sinh ở Việt Nam bán ra ngoài cộng đồng đã tăng gấp 2 lần, trong đó tại thành thị có tới hơn 80% kháng sinh bán cho người dùng mà không cần kê đơn (ở nông thôn tỷ lệ này lên tới 90%). Không chỉ có lĩnh vực y tế, tình trạng sử dụng tràn lan kháng sinh trong nông nghiệp, chăn nuôi cũng đang rất nhức nhối, góp phần tạo nên cuộc “khủng hoảng” kháng sinh đối với con người.
Trước tình trạng kháng thuốc gia tăng, Thứ trưởng Bộ Y tế Trần Văn Thuấn cho rằng, ngành y tế và các bộ ngành chức năng phải phối hợp chặt chẽ, hành động quyết liệt hơn nhằm chấm dứt việc lạm dụng kháng sinh trong các bệnh viện, khu chăn nuôi và các hộ gia đình. Bộ Y tế sẽ sớm có hướng dẫn các bệnh viện về những việc cần phải thực hiện để quản lý việc sử dụng kháng sinh, đồng thời rà soát các số liệu về các bệnh nhiễm trùng kháng thuốc, mức tiêu thụ kháng sinh để xây dựng chính sách quản lý, ngăn chặn tình trạng kháng thuốc.
