Tuy vậy, hiện vẫn còn một số TTHC chưa thể thực hiện TTHC toàn trình do nhiều nguyên nhân khác nhau; trong đó có nguyên nhân khách quan như cơ sở hạ tầng chưa đáp ứng, trình độ sử dụng công nghệ còn hạn chế, người dân chưa quen với việc làm TTHC qua mạng...
Nhưng có một số nguyên nhân hoàn toàn do chủ quan, đặc biệt là một số TTHC yêu cầu người dân phải có mặt trực tiếp, không được ủy quyền, nhất là quy định buộc phải trực tiếp “ký vào sổ”.
Hiện có nhiều TTHC yêu cầu đương sự phải “ký trực tiếp vào sổ”, chẳng hạn như tại khoản 2, Điều 16, Luật Hộ tịch quy định về đăng ký khai sinh: “Công chức tư pháp - hộ tịch và người đi đăng ký khai sinh cùng ký tên vào Sổ hộ tịch”.
Khoản 3, Điều 38, Luật Hộ tịch quy định về đăng ký kết hôn: “Khi đăng ký kết hôn, cả hai bên nam, nữ phải có mặt tại trụ sở UBND, công chức làm công tác hộ tịch hỏi ý kiến hai bên nam, nữ, nếu các bên tự nguyện kết hôn thì ghi việc kết hôn vào Sổ hộ tịch, cùng hai bên nam, nữ ký tên vào Sổ hộ tịch. Hai bên nam, nữ cùng ký vào Giấy chứng nhận kết hôn”.
Từ những ví dụ cụ thể trên, có thể thấy nhiều TTHC không thể triển khai toàn trình (hoàn toàn qua môi trường mạng), vì còn bắt buộc người dân, tổ chức phải có mặt trực tiếp và ký vào sổ, thậm chí có thủ tục không được ủy quyền cho người khác làm thay, nhận thay. Điều này đã hạn chế công cuộc cải cách hành chính nói chung và cải cách TTHC, đơn giản hóa TTHC nói riêng.