Một điểm mới đáng chú ý là tổng cục, cục thuộc bộ được thành lập cơ quan thanh tra chuyên ngành.
Kết quả biểu quyết thông qua toàn văn Luật Thanh tra (sửa đổi) Cụ thể, Điều 18 quy định, thanh tra tổng cục, cục là cơ quan của tổng cục, cục thuộc bộ thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành trong phạm vi quản lý nhà nước mà tổng cục, cục được giao phụ trách; thực hiện nhiệm vụ tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực theo quy định của pháp luật.
Thanh tra tổng cục, cục được thành lập trong 3 trường hợp: theo quy định của luật; theo quy định của điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên; tại tổng cục, cục thuộc bộ có phạm vi đối tượng quản lý Nhà nước chuyên ngành, lĩnh vực lớn, phức tạp, quan trọng đối với phát triển kinh tế - xã hội theo quy định của Chính phủ.
Việc thành lập thanh tra tổng cục, cục không được làm tăng số lượng đầu mối đơn vị trực thuộc và biên chế của tổng cục, cục thuộc bộ.
Với những nơi đã được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành nhưng không đáp ứng đủ điều kiện hoặc chưa được Chính phủ xem xét, quyết định việc thành lập cơ quan thanh tra chuyên ngành thì tiếp tục tổ chức thực hiện nhiệm vụ thanh tra theo quy định của Chính phủ.
Bên cạnh đó, luật cũng giao quyền chủ động cho UBND tỉnh trong việc thành lập thanh tra sở (trừ một số trường hợp đặc thù).
Theo quy định tại điều 26, thanh tra sở được thành lập trong 3 trường hợp: Theo quy định của luật; tại sở có phạm vi quản lý rộng và yêu cầu quản lý chuyên ngành phức tạp theo quy định của Chính phủ; tại sở do UBND cấp tỉnh quyết định căn cứ vào yêu cầu quản lý nhà nước tại địa phương và biên chế được giao.
