Theo đó, diện tích dự kiến toàn khu bảo tồn Khe Nét mở rộng thêm các xã Thanh Hóa, Hương Hóa, Kim Hóa, với tổng diện tích toàn khu bảo tồn thiên nhiên khoảng 26.800ha.
Những điều tra bước đầu của Tổ chức Bảo tồn Chim Quốc tế và Trung tâm Tài nguyên Môi trường Lâm nghiệp, Viện Điều tra Quy hoạch Rừng vào năm 1996, 2000, 2004 và 2009 cho thấy mặc dù khu vực rừng Khe Nét đã qua khai thác nhưng vẫn tồn tại những giá trị cao về đa dạng sinh học.
Ông Đinh Tiến Dũng, Phó Chủ tịch UBND huyện Tuyên Hóa cho biết, đã thống kê được 703 loài thực vật bậc cao có mạch, 280 loài động vật có xương sống ở cạn. Trong số đó, có 39 loài thực vật, 58 loài động vật quý hiếm đang bị đe doạ ở mức quốc gia và toàn cầu. Nhiều loài thực vật quý hiếm, có giá trị kinh tế cao như Lát hoa, Sến mật, Trai lý, Kim giao trung bộ...
Đây cũng là nơi sinh sống của nhiều loài động vật quý hiếm như Mang lớn, Voọc gáy trắng, Gấu, Chà vá chân nâu, Gà lôi lam đuôi trắng, Gà lôi lam mào đen...
Với những giá trị trên, Khe Nét đã được đề xuất là Khu BTTN trong hệ thống rừng đặc dụng của Việt Nam (diện tích đề xuất là khoảng 26.800ha) theo Quyết định số 192/2003/QĐ-TTg ngày 17-9-2003 của Thủ tướng Chính phủ về việc phê duyệt Chiến lược quản lý hệ thống khu BTTN Việt Nam đến năm 2010.
Theo ông Dũng, thành lập khu bảo tồn thiên nhiên Khe Nét tỉnh Quảng Bình nhằm bảo vệ toàn bộ các hệ sinh thái rừng, các giá trị khoa học về đa dạng sinh học, địa chất, cảnh quan, các loài động thực vật hoang dã đặc hữu, quý hiếm hiện đang tồn tại và sinh sống ở các hệ sinh thái rừng trong khu vực.
Mục tiêu là ổn định thành phần loài, tăng số lượng các cá thể và quần thể các loài đang bị đe doạ; duy trì chức năng phòng hộ đầu nguồn của lưu vực các sông suối trong khu vực, góp phần phòng hộ cho các hoạt động sản xuất nông nghiệp của các xã thuộc huyện Tuyên Hoá và các huyện vùng hạ lưu sông Gianh.