Tiếp thu các ý kiến ĐBQH nêu tại kỳ họp thứ 5, quy định về đầu tư cho giáo dục đại học đã được chỉnh lý, bổ sung theo hướng xác nhận trách nhiệm của Nhà nước trong đầu tư vào phát triển giáo dục đại học. Phương thức phân bổ ngân sách thông qua các hình thức: chi đầu tư, chi nghiên cứu phát triển, đặt hàng nghiên cứu, đào tạo, học bổng, tín dụng sinh viên theo nguyên tắc cạnh tranh, bình đẳng, hiệu quả. Liên quan đến học phí và các khoản thu dịch vụ khác, dự thảo luật được chỉnh lý theo hướng giữ quy định học phí “là khoản thu mà người học phải nộp cho cơ sở giáo dục đại học để bù đắp một phần hoặc toàn bộ chi phí đào tạo”. Mức thu học phí được xác định trên nguyên tắc tính đủ chi phí căn cứ theo chi phí đơn vị do cơ sở giáo dục đại học công khai mà không xác định mức trần học phí. Đồng thời, quy định học phí là một khoản thu của cơ sở giáo dục đại học, độc lập với nguồn kinh phí do ngân sách nhà nước cấp.
Báo cáo thẩm tra cho biết, trong quá trình thảo luận có nhiều ý kiến băn khoăn, khi thu nhập bình quân xã hội còn thấp, chưa hoàn thiện được hệ thống quỹ tín dụng sinh viên (của Nhà nước và tư nhân) cũng như cơ chế lập quỹ tài chính hỗ trợ học bổng, phát triển nhà trường, việc không quy định mức trần học phí đối với các trường đại học công lập có thể khiến cho cơ hội tiếp cận với giáo dục đại học của một bộ phận người học có khó khăn, đặc biệt là ở một số ngành có sức hút lớn (như y dược, kinh tế, tài chính, ngân hàng…). Tuy nhiên, nhiều ý kiến khác cho rằng, trong cơ chế tự chủ thì việc để các trường tự cân đối, xác định mức thu học phí ở mức xã hội/người học có thể chấp nhận và tương xứng với chất lượng dịch vụ đào tạo là cần thiết, các trường tự cân nhắc để tạo sự cạnh tranh, nâng cao chất lượng thu hút người học. Hơn nữa, cơ chế thu và sử dụng học phí đối với cơ sở giáo dục công lập cũng sẽ được quy định cụ thể tại các văn bản dưới luật (dự kiến sẽ giao Chính phủ quy định chi tiết theo quy định của Luật Giáo dục). Do có sự khác biệt này, đây sẽ là vấn đề được đưa ra xin ý kiến thảo luận của các đại biểu.
Về quản lý tài chính, dự thảo luật quy định: cơ sở giáo dục đại học công lập tự bảo đảm toàn bộ kinh phí hoạt động chi thường xuyên, có nghị quyết thông qua của hội đồng trường thì được quyết định đầu tư các dự án sử dụng nguồn thu hợp pháp ngoài ngân sách nhà nước của cơ sở giáo dục đại học để thực hiện hoạt động đào tạo, nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ; được tự chủ quyết định nội dung và mức chi từ các nguồn thu học phí và thu sự nghiệp, nguồn kinh phí đặt hàng, giao nhiệm vụ, bao gồm cả chi tiền lương, chi hoạt động chuyên môn, chi quản lý và được quy định trong quy chế tài chính của cơ sở giáo dục đại học. Cơ sở giáo dục đại học phải thực hiện kiểm toán và công khai nguồn tài chính.
