Theo Bộ GTVT, VEC đã được chấp thuận đầu tư mở rộng 21,92km cao tốc TPHCM - Long Thành - Dầu Giây, đoạn từ nút giao Vành đai 2 TPHCM đến nút giao đường cao tốc Biên Hòa - Vũng Tàu. Tuy nhiên, việc VEC đề xuất mở rộng đoạn tuyến này từ 4 lên 8 làn xe là chưa phù hợp với quy hoạch. Trong Quy hoạch mạng lưới đường bộ thời kỳ 2021-2030, tầm nhìn đến năm 2050 được Thủ tướng phê duyệt, đoạn tuyến này có 10 làn xe.
Đối với cầu Long Thành, Bộ GTVT đề nghị VEC nghiên cứu phương án xây dựng cầu mới với quy mô: phần cầu dẫn có kết cấu phần dưới 5 làn xe và kết cấu phần trên 4 làn xe, phần cầu chính là 5 làn xe, đồng thời tổ chức phân làn giao thông phù hợp.
Về phương án đầu tư, Bộ GTVT cho rằng, VEC đề xuất phương án ngân sách nhà nước đóng góp 44,4% tổng mức đầu tư để mở rộng cao tốc TPHCM - Long Thành - Dầu Giây là không khả thi, do Bộ GTVT không còn vốn đầu tư công trung hạn giai đoạn 2021-2025 để bố trí cho dự án như đề xuất. Bộ GTVT đề nghị VEC bổ sung các phương án như: đầu tư công, đầu tư theo phương thức đối tác công tư, đầu tư theo phương thức nhượng quyền; cần so sánh ưu nhược điểm của từng phương án để làm cơ sở báo cáo Thủ tướng Chính phủ.
Trước đó, VEC đề xuất Bộ GTVT phương án mở rộng 21,92km cao tốc TPHCM - Long Thành - Dầu Giây với quy mô từ 4 làn xe lên 8 làn xe, tổng mức đầu tư là 14.896 tỷ đồng. Trong đó, vốn ngân sách nhà nước là 6.164 tỷ đồng (44,4%).