Mục tiêu cụ thể đến năm 2035, Trường Đại học Y Hà Nội có quy mô đào tạo trên 20.000 người học; đào tạo trình độ thạc sĩ, tiến sĩ và tương đương trên 50% tổng quy mô tuyển sinh. 100% chương trình đào tạo được công nhận đạt kiểm định chất lượng giáo dục bởi tổ chức kiểm định uy tín trong nước, quốc tế. Cùng với đó, trường xây dựng ít nhất 20 viện, trung tâm nghiên cứu xuất sắc, phòng thí nghiệm; từng bước làm chủ một số công nghệ chiến lược ứng dụng trong nghiên cứu khoa học lĩnh vực sức khỏe...
Đến năm 2035, Trường Đại học Y Hà Nội trở thành đại học được xếp hạng trong danh sách 100 đại học hàng đầu châu Á, trong số 801 - 1.000 đại học hàng đầu thế giới và có ít nhất 2 nhóm ngành được xếp hạng trong nhóm 150 của bảng xếp hạng quốc tế uy tín.
Tầm nhìn đến năm 2050, Đại học Y Hà Nội là cơ sở giáo dục đại học định hướng nghiên cứu trọng điểm quốc gia, có mô hình quản trị đại học thông minh, tiên tiến, thuộc nhóm các trường hàng đầu châu Á, nhóm 501 - 800 các trường đại học hàng đầu thế giới và có ít nhất 4 nhóm ngành được xếp hạng trong nhóm 150 của bảng xếp hạng quốc tế uy tín.
Trường Đại học Y Hà Nội sẽ mở rộng diện tích, xây dựng mới cơ sở đào tạo, phòng thí nghiệm, cơ sở thực hành, đáp ứng mục tiêu mở rộng quy mô và nâng cao chất lượng đào tạo; phát triển, mở rộng chuỗi các bệnh viện đại học trực thuộc Trường Đại học Y Hà Nội tại Hà Nội, Thanh Hóa, Bắc Ninh và các tỉnh, thành phố khác.
