Trước và sau khi Luật Hợp tác xã năm 2012 có hiệu lực thi hành, TPHCM đã ban hành nhiều chính sách ưu đãi, hỗ trợ hợp tác xã (HTX) nông nghiệp: Chính sách khuyến khích chuyển dịch cơ cấu nông nghiệp đô thị; chính sách hỗ trợ cán bộ có trình độ đại học, cao đẳng về công tác tại các HTX; chính sách hỗ trợ cơ sở vật chất ban đầu cho HTX mới thành lập, chính sách sản xuất theo quy trình VietGAP, hỗ trợ xây dựng công trình xử lý chất thải trong chăn nuôi, đào tạo nghề nông nghiệp cho lao động nông thôn… Nhờ đó, hầu hết các HTX nông nghiệp đều có bước chuyển biến tích cực, hoạt động khá ổn định.
TPHCM có 41 HTX nông nghiệp, chiếm gần 10% trong tổng số HTX toàn TP. Bình quân một HTX có 54 thành viên, vốn điều lệ 6,2 tỷ đồng, 10 lao động và 0,6ha diện tích nhà xưởng. Giá trị sản xuất do thành viên HTX tạo ra là 971 tỷ đồng, chiếm khoảng 5% trong tổng giá trị sản xuất nông nghiệp. Các HTX nông nghiệp tập trung tại 5 huyện ngoại thành, đóng vai trò rõ nét trong quá trình xây dựng nông thôn mới. Là một trong 2 chỉ tiêu quan trọng của tiêu chí 13 - tổ chức sản xuất, các HTX nông nghiệp đã và đang góp phần nâng cao thu nhập cho người dân nông thôn. Năm 2017, ngành nông nghiệp đề xuất với TP việc xây dựng thí điểm mô hình HTX nông nghiệp tiên tiến, hiện đại, gồm 7 HTX: Tân Thông Hội, Tiên Phong và Phú Lộc (Củ Chi); Mai Hoa (Hóc Môn); Phước An (Bình Chánh); Hiệp Thành (Nhà Bè) và Thuận Yến (Cần Giờ).
HTX Chăn nuôi bò sữa Tân Thông Hội thành lập năm 1999, lúc mới ra đời có 50 xã viên, đến nay sau hơn 18 năm hoạt động có 300 xã viên, vốn điều lệ 5 tỷ đồng. Hoạt động chủ yếu của HTX là cung cấp dịch vụ đầu vào cho xã viên và thu mua sữa bò tươi cung cấp cho các đơn vị tiêu thụ như Công ty cổ phần Lothamilk, Công ty Thực phẩm CMT, Công ty Ánh Hồng… HTX có tổng đàn bò sữa 5.000 con, trong đó có 2.000 con là bò cái vắt sữa; xây dựng 4 trạm thu mua sữa để tiêu thụ khoảng 30 tấn sữa bò tươi cho xã viên. HTX đã vay vốn ngân hàng (được ngân sách hỗ trợ lãi vay theo chính sách khuyến khích chuyển dịch cơ cấu nông nghiệp đô thị), cộng với vốn góp của xã viên trên 40 tỷ đồng để xây dựng nhà máy chế biến sữa tươi tại xã Hòa Phú. Giữa tháng 12-2017, nhà máy chế biến sữa tươi của HTX đi vào hoạt động, cung cấp khoảng 5 tấn sản phẩm sữa tươi mỗi ngày cho thị trường. Công suất thiết kế của nhà máy là 15 - 20 tấn sữa tươi/ngày.
HTX Phước An thành lập năm 2006, có 7 thành viên với 4,5ha đất sản xuất. Khi mới thành lập, HTX gặp không ít khó khăn về vốn, đất đai, quy trình sản xuất và tiêu thụ sản phẩm. Với quyết tâm sản xuất rau đảm bảo an toàn thực phẩm, HTX Phước An được ngành nông nghiệp tập huấn cho xã viên kỹ thuật sản xuất rau an toàn theo quy trình VietGAP, áp dụng khoa học kỹ thuật. Sau đó, thành lập một đội ngũ kỹ thuật riêng, thành thạo về chuyên môn cây trồng, luân phiên đi kiểm tra đều đặn ở các tổ trồng rau. Hơn 10 năm hoạt động, đến nay HTX đã phát triển lên 65 xã viên, tổng diện tích sản xuất hơn 25ha, sản lượng khoảng 6 tấn rau củ quả/ngày có dán tem truy xuất nguồn gốc. Hiện 20 sản phẩm rau củ quả các loại của HTX Phước An đã có mặt tại hầu hết siêu thị lớn của TPHCM như BigC, Co.opmart, Metro, Vinatex Mart…
HTX Nuôi trồng thủy sản Hiệp Thành “sinh sau đẻ muộn”, thành lập vào năm 2016, có 11 thành viên, tổng diện tích ao nuôi tôm trên 25ha, sản lượng bình quân 12 tấn/ha/vụ (nuôi công nghệ cao đạt 30 tấn/ha/vụ); tổng sản lượng cung cấp cho thị trường khoảng 700 tấn/năm. HTX là địa chỉ tin cậy để nhiều nông dân học tập, tổ chức hoạt động sản xuất theo hướng hợp tác, liên kết, mang lại hiệu quả kinh tế cao cho thành viên, góp phần tăng thu nhập cho người dân trên địa bàn huyện Nhà Bè.
Từ thực tế có thể khẳng định, HTX nông nghiệp trên địa bàn TPHCM đã thể hiện vai trò quan trọng là cầu nối trong việc tiếp thu, hướng dẫn ứng dụng, chuyển giao tiến bộ kỹ thuật vào sản xuất, thúc đẩy chuyển đổi hiệu quả cây trồng, vật nuôi chủ lực của TP. Hoạt động của các HTX đã đảm bảo khâu dịch vụ đầu vào lẫn đầu ra mà hộ nông dân không làm được, hoặc làm nhưng không hiệu quả, như: dịch vụ giống, phân bón, thuốc bảo vệ thực vật, thu hoạch, chuyển giao khoa học kỹ thuật, liên kết trong sản xuất, chế biến và tiêu thụ sản phẩm cho thành viên, tạo thêm việc làm, tăng thu nhập, thúc đẩy kinh tế hộ phát triển.