Về hệ thống phòng học chuyên môn, Thanh tra của Bộ Giao thông Vận tải đã phát hiện nhiều đơn vị thiếu trang thiết bị, có phòng học chuyên môn bố trí chưa phù hợp, chưa thuận tiện cho công tác giảng dạy, điển hình là Trường trung cấp Kinh tế - Kỹ thuật Công đoàn Cần Thơ, Trung tâm Màu Hoa Đỏ (Cần Thơ), Trường Cao đẳng nghề số 9, Trung tâm Gia Thịnh (Vĩnh Long).
Bên cạnh đó, một số đơn vị có hình bài tập lái chung với đường nội bộ, không đảm bảo an toàn, có bề mặt làn đường và hình bài tập lái chưa được thảm nhựa hoặc bê tông xi măng, cụ thể là các sân tập lái của Trung tâm Hoàng Anh, Trung tâm Dầu khí (Bà Rịa - Vũng Tàu), Trung tâm đào tạo, dạy nghề lái xe đường bộ số 10 (Hậu Giang), cơ sở 2 Trường Cao đẳng nghề số 9 (Cần Thơ).
Đối với giáo viên dạy lái, kết luận thanh tra cho biết, tại Trung tâm đào tạo nghiệp vụ GTVT Bình Định phân công giáo viên giảng dạy không đủ tiêu chuẩn. Trường Cao đẳng nghề số 9 (Vĩnh Long) và cơ sở 2 Trường Cao đẳng nghề số 9 (Cần Thơ) có 27 giáo viên trùng nhau, có thời điểm hai đơn vị cùng sử dụng một số giáo viên để dạy thực hành.
Đối với công tác sát hạch, sân sát hạch của một số trung tâm thiếu biển báo hiệu, có lắp thiết bị chấm điểm tự động để sát hạch nhưng chưa được đảm bảo yêu cầu, có camera giám sát trong phòng sát hạch lý thuyết nhưng không bao quát được toàn bộ phòng.
Đặc biệt, một số sở GTVT cấp giấy phép cho xe tập lái hợp đồng quá tỷ lệ quy định; cấp giấy chứng nhận giáo viên dạy thực hành cho người chưa đủ điều kiện; một số sở GTVT phân công tổ trưởng sát hạch không phải là người của cơ quan quản lý sát hạch.
Theo Thanh tra Bộ GTVT, để xảy ra tồn tại, thiếu sót, trách nhiệm thuộc sở GTVT. Để khắc phục, Bộ GTVT yêu cầu các Sở GTVT Bình Định, Bà Rịa - Vũng Tàu, Hậu Giang, Cần Thơ, Vĩnh Long và Long An khẩn trương khắc phục những tồn tại nêu trên. Bên cạnh đó, yêu cầu các địa phương tổ chức kiểm điểm, xử lý trách nhiệm đối với tổ chức, cá nhân liên quan đến tồn tại trong đào tạo, sát hạch. Đặc biệt, phải tổ chức kiểm điểm, xử lý trách nhiệm đối với hội đồng sát hạch lái xe ô tô, tổ chức sát hạch lái xe mô tô thuộc sở để sát hạch viên thực hiện không đúng quy trình trong phòng lý thuyết.