Đối với công tác phân luồng tờ khai, Cục Hải quan TPHCM cũng thực hiện kiểm tra hải quan đối với hơn 2 triệu tờ khai xuất nhập khẩu. Trong đó, tờ khai được phân luồng xanh là hơn 1,2 triệu bộ, luồng đỏ là 123.154 bộ.
Qua công tác kiểm tra, hải quan phát hiện trên 2.600 tờ khai vi phạm, bao gồm cố ý khai báo sai tên hàng, số lượng, mã số hàng hóa, nhập nhiều khai ít… nhằm mục đích gian lận, trốn thuế.
Bên cạnh đó, qua soi chiếu, Hải quan TPHCM liên tiếp phát hiện nhiều trường hợp nghi vấn nên đã chuyển hình ảnh, thông tin cho cơ quan hải quan (nơi doanh nghiệp mở tờ khai) để tiến hành kiểm tra, khởi tố nhiều vụ việc vi phạm nghiêm trọng.