Theo đó, UBND TPHCM giao UBND các quận, huyện và TP Thủ Đức quản lý, khai thác hiệu quả 1.942 tuyến kênh, rạch có chức năng tiêu thoát nước, tưới tiêu phục vụ sản xuất nông nghiệp thuộc phạm vi địa giới hành chính quản lý của địa phương.
Cụ thể, tổ chức rà soát quy hoạch, thực hiện điều chỉnh, cập nhật khi có sự thay đổi mép bờ cao, hành lang bảo vệ các tuyến kênh, rạch được phân cấp quản lý, khai thác; Tổ chức xây dựng và công bố thông tin mép bờ cao quy hoạch đối với các tuyến kênh, rạch được phân cấp quản lý, khai thác theo quy định; Thường xuyên kiểm tra, xử lý kịp thời hoặc báo cáo cấp có thẩm quyền (trường hợp vượt thẩm quyền) xử lý đối với các trường hợp vi phạm các quy định của pháp luật trong phạm vi hành lang bảo vệ an toàn các kênh, rạch; Tổ chức bảo trì, sửa chữa, nâng cấp công trình theo quy định; Thực hiện việc nạo vét bùn đất bồi lắng, bãi cạn, thanh thải chướng ngại vật khơi thông dòng chảy; Vớt rác, lục bình, cỏ dại trên các tuyến kênh, rạch.
Trước ngày 15-12 hàng năm, các đơn vị có trách nhiệm tổng kết, báo cáo kết quả thực hiện công tác quản lý, khai thác của địa phương được phân cấp quản lý, trong đó tổ chức đánh giá hiện trạng và thống kê đầy đủ các số liệu cơ bản của các tuyến kênh, rạch (tên kênh, rạch, địa điểm, lý trình, chiều dài, chiều rộng trung bình). Đồng thời, thường xuyên tổ chức kiểm tra, rà soát kịp thời phát hiện các tuyến kênh, rạch đã thay đổi cơ quan quản lý, thay đổi chức năng, nhiệm vụ hoặc chưa có trong danh mục phân cấp.
Ngoài ra, UBND TPHCM giao Sở NN-PTNT tổng hợp kết quả thực hiện, các khó khăn, vướng mắc trong quá trình thực hiện các nội dung được phân cấp định kỳ 6 tháng, 1 năm báo cáo cho UBND TPHCM để theo dõi, chỉ đạo kịp thời.