Ông Nguyễn Văn Thọ sinh năm 1972, quê ở tỉnh Hải Dương. Trước khi sang lĩnh vực hải quan, ông Nguyễn Văn Thọ có thời gian 12 năm công tác trong quân đội. Sau đó, ông được điều sang công tác tại Tổng cục Hải quan, được bổ nhiệm làm Phó Cục trưởng Cục Điều tra chống buôn lậu, rồi được bổ nhiệm làm Phó Tổng Cục trưởng Tổng cục Hải quan từ tháng 9-2021.
Cùng với quyết định bổ nhiệm tân Tổng Cục trưởng đối với ông Nguyễn Văn Thọ, Bộ Tài chính cũng trao quyết định nghỉ hưu theo chế độ đối với ông Nguyễn Văn Cẩn, Tổng Cục trưởng Tổng cục Hải quan.