Có tổng số 12 bị cáo, trong đó có ông Đinh La Thăng (sinh năm 1960, cựu Chủ tịch Hội đồng quản trị Tập đoàn Dầu khí Việt Nam - PVN), Trịnh Xuân Thanh (sinh năm 1966, cựu Chủ tịch Hội đồng quản trị, Tổng Giám đốc Tổng Công ty cổ phần xây lắp Dầu khí Việt Nam - PVC).
Trong đó, bị cáo Trịnh Xuân Thanh bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố về 2 hành vi “Vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng” và “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao, ngày 17-7-2007, Hội đồng quản trị PVN ra Nghị quyết giao cho Tổng Giám đốc PVN xây dựng đề án đầu tư xây dựng Nhà máy sản xuất Ethanol nhiên liệu ở khu vực phía Bắc. Ít lâu sau, bị cáo Đinh La Thăng (khi đó là Chủ tịch Hội đồng quản trị PVN) đã ký ban hành Nghị quyết "chấp thuận chủ trương đầu tư Nhà máy sản xuất Ethanol khu vực phía Bắc".
Thực hiện chủ trương, Công ty cổ phần Hóa dầu và Nhiên liệu sinh học Dầu khí (PVB) được thành lập để làm chủ đầu tư dự án xây dựng Nhà máy sản xuất Ethanol nhiên liệu khu vực phía Bắc (huyện Tam Nông, tỉnh Phú Thọ).
Tháng 9-2008, PVB có quyết định phê duyệt hồ sơ mời sơ tuyển gói thầu TK05. PVC sau đó đã thành lập Liên danh PVC/Alfa Laval/Delta-T để nộp hồ sơ dự tuyển gói thầu TK05.
Với vai trò là Chủ tịch Hội đồng quản trị PVN, bị cáo Đinh La Thăng đã chủ trì nhiều cuộc họp để định hướng việc giao thầu cho PVC theo như đề nghị của bị cáo Trịnh Xuân Thanh.
Trên cơ sở chỉ đạo của Đinh La Thăng, bị cáo Trịnh Xuân Thanh đã ký công văn gửi PVB xin được chỉ định thực hiện Dự án Ethanol Phú Thọ.
Thực hiện các chỉ đạo của ông Thăng, PVB đã không tổ chức đấu thầu theo kế hoạch mà lập hồ sơ để chỉ định thầu cho Liên danh PVC/Alfa Laval/Delta-T.
Quá trình thực hiện, do Liên danh PVC/Alfa Laval/Delta-T không đủ năng lực nên Dự án Ethanol Phú Thọ liên tục bị chậm tiến độ. PVC sau đó cũng có báo cáo thừa nhận Liên danh PVC/Alfa Laval/Delta-T không đủ năng lực để thực hiện dự án. Tháng 3-2013, PVC đã đơn phương dừng thi công dự án.
Cáo trạng xác định, hậu quả từ hành vi làm trái các quy định của các bị cáo trong vụ án đã gây ra thiệt hại cho PVB tổng số tiền hơn 543 tỷ đồng.
