Bên cạnh đó, việc tích cực trồng rừng, Chính phủ coi trọng hạnh phúc của người dân hơn phát triển kinh tế cũng như đầu tư vào năng lượng sạch khiến Bhutan trở thành hình mẫu về môi trường cho nhiều quốc gia.
Tuy nhiên, vẻ tươi đẹp của Bhutan kéo theo phát triển du lịch và hệ quả tất yếu mà nó mang theo là rác thải và ô nhiễm môi trường đang lấn dần màu xanh nước này. Vấn đề ô nhiễm môi trường ở đây không chỉ bao gồm nguồn nước, đất, rừng mà còn liên quan đến không khí và ô nhiễm tiếng ồn. Báo cáo của Hội đồng Môi trường quốc gia Bhutan (NEC) cảnh báo tốc độ tăng trưởng kinh tế nhanh đang khiến quá trình đô thị hóa bùng nổ, kéo theo đó là ngày càng nhiều rác thải ra tự nhiên. Năm 2014, bình quân mỗi người Bhutan xả 250gr rác thải/ngày ra tự nhiên và phần lớn chúng là những vật liệu dễ phân hủy thì đến nay, con số này đã tăng gấp đôi và rất nhiều trong số đó là rác nhựa. Năm 2017, nghiên cứu của Liên hiệp gìn giữ nước sạch quốc tế (GWA) đã tìm thấy lượng đáng kể vi khuẩn E Coli trong các dòng sông tại Bhutan.
Đa phần rác thải tại Bhutan là chất thải nông nghiệp hoặc dễ phân hủy, nhưng ảnh hưởng của du lịch và văn hóa phương Tây đã khiến người dân Bhutan sử dụng nhiều sản phẩm công nghệ cao hơn và đương nhiên chúng cũng khó phân hủy hơn. Với sự gia tăng dân số và đô thị hóa, tình hình ô nhiễm đang ngày một nghiêm trọng hơn. Chính phủ Bhutan thường tổ chức những đợt dọn rác và chúng khá hiệu quả trong quá khứ, nhưng với lượng chất thải ngày một nhiều và không có hệ thống xử lý bài bản, quốc gia này đang dần lâm vào thế bí khi cơ sở hạ tầng còn yếu.
