Việc phát triển các đầm, ao nuôi trồng thủy sản ở vùng cửa sông, ven biển dẫn đến những thay đổi về nơi cư trú của quần xã sinh vật, thay đổi về môi trường, lắng đọng trầm tích và nguy cơ xói lở bờ sông, bờ biển. Hơn nữa, tại một số khu vực nuôi tôm, cá tập trung việc xả thải các chất hữu cơ, chất độc vi sinh vật và các chất thải sinh hoạt bừa bãi làm cho môi trường suy thoái, bùng nổ dịch bệnh, gây thiệt hại nặng về kinh tế và môi trường.
Ngoài ra, các cơ sở nuôi trồng còn gặp khó khăn trong việc kiểm soát nước thải do hầu hết các vùng nuôi đều chưa có quy hoạch chi tiết, chưa có quy định vùng cấp nước và vùng xả nước thải riêng. Việc nuôi thả thường diễn ra với mật độ cao hơn so với quy định, không cân đối giữa mật độ thả với lượng thức ăn dẫn đến lượng thức ăn dư thừa trong ao nuôi làm ô nhiễm nguồn nước.
