Theo bà Hồ Kim Liên, Chủ tịch Hội Nước mắm Phú Quốc, sau khi quy định có hiệu lực, nhiều doanh nghiệp sản xuất nước mắm truyền thống phải thêm iốt vào nên sản phẩm bị đổi màu, chất lượng cũng bị ảnh hưởng.
Trong khi đó, để vào được thị trường châu Âu, nước mắm Phú Quốc phải hơn 2 năm mới được bảo hộ, nay có thêm vi chất nên nhiều khả năng cần có thời gian để hội xin bảo hộ lại. Điều này cũng có nghĩa đối mặt với nguy cơ bị mất thị trường xuất khẩu, do chất lượng và màu sắc bị thay đổi.