Tình trạng xâm nhập mặn ở khu vực ven biển cũng sẽ làm thu hẹp diện tích đất nông nghiệp. Một phần diện tích đáng kể đất trồng trọt ở vùng đồng bằng sông Hồng và ĐBSCL sẽ bị nhiễm mặn vì 2 khu vực này thấp so với mực nước biển. Xâm nhập mặn làm cho diện tích đất canh tác giảm, từ đó hệ số sử dụng đất có thể giảm, từ 3 - 4 lần/năm xuống còn 1 - 1,5 lần/năm…
Việc mất đất canh tác trong nông nghiệp và năng suất cây trồng suy giảm sẽ đặt ra những thách thức, đe dọa đời sống của nông dân, vấn đề xuất khẩu gạo và an ninh lương thực đối với một quốc gia mà nông nghiệp đóng vai trò quan trọng trong nền kinh tế quốc dân như Việt Nam.
Riêng tại TPHCM, nghiên cứu của Ngân hàng châu Á (ADB) cũng cho thấy lĩnh vực nông nghiệp của thành phố sẽ bị ảnh hưởng nghiêm trọng bởi sự gia tăng phạm vi, độ sâu và thời gian ngập đối với ngập thường xuyên, xâm nhập mặn do biến đổi khí hậu gây ra. Nghiên cứu cũng khuyến cáo, nếu không có các biện pháp kiểm soát ngập, gần 60% diện tích nông nghiệp sẽ có thể bị ảnh hưởng.
Ngoài ra, các nguồn nước kênh bị ô nhiễm tràn vào đất nông nghiệp và các diện tích công cộng trống khi ngập cực đoan, có thể tạo ra mối đe dọa đối với sản xuất nông nghiệp và sức khỏe cộng đồng. Bên cạnh đó, trong các điều kiện hạn hán được dự báo đến 2050, vùng ảnh hưởng mặn sẽ lan đến Hóc Môn, Bình Chánh, Nhà Bè nên có thể ảnh hưởng các cánh đồng nông nghiệp, rừng sản xuất và khu bảo tồn những huyện này.
