Cuối năm 1954, bộ phận Cơ yếu Xứ ủy Nam bộ được hình thành. Trong hoàn cảnh phải hoạt động trong lòng địch, cán bộ, nhân viên cơ yếu đã khắc phục mọi khó khăn, bảo đảm tuyệt đối bí mật thông tin lãnh đạo, chỉ đạo của Trung ương và Xứ ủy Nam bộ, trong đó có nhiều chỉ thị, nghị quyết quan trọng, có ý nghĩa lịch sử.
Trước yêu cầu thực tiễn của cách mạng miền Nam, tháng 8-1961, tại Mã Đà, Chiến khu Đ, Ban Cơ yếu thống nhất Trung ương Cục miền Nam được thành lập (trên cơ sở tổ chức Cơ yếu của Xứ ủy Nam bộ) với hơn 10 cán bộ, nhân viên. Ban Cơ yếu thống nhất Trung ương Cục miền Nam có chức năng, nhiệm vụ tham mưu cho Trung ương Cục về công tác cơ yếu, thực hiện hoạt động cơ yếu, nghiên cứu, sáng chế và cung cấp luật mật mã, tài liệu kỹ thuật, đào tạo và bổ túc nghiệp vụ cho cán bộ, nhân viên cơ yếu, đảm bảo tuyệt đối bí mật, chính xác, kịp thời thông tin phục vụ sự lãnh đạo, chỉ đạo, chỉ huy của Đảng, Nhà nước, các lực lượng vũ trang; đồng thời thông qua các cơ quan, đơn vị có sử dụng cơ yếu và tổ chức cơ yếu chỉ đạo kỹ thuật nghiệp vụ cơ yếu toàn miền Nam.
Cuối năm 1961, hệ thống liên lạc cơ yếu trên chiến trường Nam bộ được kiện toàn, củng cố, hình thành 3 tuyến: hệ cơ yếu Đảng, hệ cơ yếu quân sự và hệ cơ yếu an ninh. Tháng 9-1963, Ban Cơ yếu thống nhất Trung ương Cục miền Nam đã huy động toàn lực lượng phục vụ công tác chống phá ấp chiến lược. Từ giữa năm 1965, khi đế quốc Mỹ trực tiếp tham chiến, quân chủ lực miền Nam ra đời, lực lượng cơ yếu thuộc các đơn vị chủ lực và các mạng cơ yếu được thành lập.
Đồng chí Võ Văn Kiệt (người ngồi thứ 4 từ phải sang) dự Hội nghị tổng kết công tác Cơ yếu B2 lần thứ nhất, năm 1973 (Nguồn: Tạp chí Cơ yếu Ban Cơ yếu Chính phủ) Trong thời kỳ chống “Chiến tranh đặc biệt” của đế quốc Mỹ, lực lượng cơ yếu đã có bước phát triển mạnh về tổ chức; công tác nghiên cứu, phát triển kỹ thuật mật mã có những bước tiến hết sức cơ bản, đồng thời từng bước chuyển đổi kỹ thuật theo chủ trương của Ban Cơ yếu Trung ương, góp phần quan trọng đánh bại chiến lược “Chiến tranh đặc biệt”, đưa cách mạng nước ta chuyển sang giai đoạn mới.
Cuộc Tổng tiến công và nổi dậy Tết Mậu Thân 1968 đã tạo ra bước ngoặt lớn, buộc đế quốc Mỹ phải thay đổi chiến lược. Cơ yếu miền Nam bước vào một giai đoạn cam go, quyết liệt; nhiều cán bộ, nhân viên cơ yếu đã dũng cảm hy sinh khi đang thực hiện nhiệm vụ. Trong thời kỳ Mỹ - Ngụy thực hiện chiến lược “Việt Nam hóa chiến tranh”, lực lượng cơ yếu của ta đã tổ chức các mạng liên lạc, phối hợp, hiệp đồng chiến đấu giữa các tổ chức cơ yếu bảo đảm bí mật, chính xác, kịp thời phục vụ lãnh đạo, chỉ đạo, chỉ huy trong các trận đánh của toàn chiến dịch.
Đầu năm 1975, cục diện chiến trường thay đổi nhanh chóng. Để bảo đảm yêu cầu công tác lãnh đạo trong tình hình mới, các tổ chức cơ yếu đã làm việc không quản ngày đêm; mã, dịch truyền đạt đến các địa phương, đơn vị quyết tâm thực hiện chiến lược của Bộ Chính trị và Trung ương Cục miền Nam. Kết thúc chiến dịch Hồ Chí Minh lịch sử, miền Nam được hoàn toàn giải phóng, Ban Cơ yếu thống nhất Trung ương Cục miền Nam đã hoàn thành sứ mệnh lịch sử, góp phần xứng đáng vào sự nghiệp giải phóng dân tộc, thống nhất đất nước.
Trải qua 21 năm kể từ khi Cơ yếu Xứ ủy Nam bộ ra đời cho đến ngày miền Nam hoàn toàn giải phóng, cán bộ, nhân viên của Ban Cơ yếu thống nhất Trung ương Cục miền Nam luôn được nhân dân hết lòng yêu thương, che chở, giúp đỡ, dù bất kỳ hoàn cảnh khó khăn, gian khổ nào cũng tuyệt đối trung thành với sự nghiệp cách mạng của Đảng, luôn phát huy tinh thần sáng tạo, chủ động, bảo đảm tuyệt đối bí mật thông tin phục vụ lãnh đạo, chỉ đạo, chỉ huy của Đảng, Nhà nước, lực lượng vũ trang; đồng thời đối phó có hiệu quả với âm mưu, thủ đoạn thu tin, mã thám của địch. Trên chiến trường, cán bộ, nhân viên cơ yếu vừa chủ động bảo vệ an toàn tài liệu kỹ thuật mật mã; vừa cầm súng dũng cảm chiến đấu tiêu diệt sinh lực địch. Có đồng chí bị sa vào tay địch, mặc dù kẻ thù dùng mọi biện pháp mua chuộc, tra tấn dã man nhưng vẫn một lòng một dạ trung thành tuyệt đối với Đảng, với nhân dân.
Với những thành tích xuất sắc, Ban Cơ yếu thống nhất Trung ương Cục miền Nam và nhiều tổ chức, cá nhân cơ yếu trực thuộc đã được Đảng, Nhà nước tặng nhiều phần thưởng cao quý. Đặc biệt, ngày 18-2-2017, Chủ tịch nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam đã ký Quyết định số 298/QĐ-CTN phong tặng danh hiệu Anh hùng Lực lượng vũ trang nhân dân trong cuộc kháng chiến chống Mỹ, cứu nước cho Ban Cơ yếu thống nhất Trung ương Cục miền Nam.
Những phần thưởng cao quý đó cùng với Huân chương Sao Vàng (năm 2005), 2 Huân chương Hồ Chí Minh (năm 1985 và năm 2015) của Ngành Cơ yếu Việt Nam là những đánh giá, ghi nhận của Đảng, Nhà nước và nhân dân đối với sự hy sinh, cống hiến của các thế hệ cán bộ, nhân viên Ngành Cơ yếu Việt Nam, của Ban Cơ yếu thống nhất Trung ương Cục miền Nam qua các thời kỳ.
