Điều này đã khiến rất nhiều thương hiệu tham gia thị trường nhưng sau đó âm thầm rút lui, đến nay số thương hiệu còn tồn tại chỉ đếm trên đầu ngón tay. Về nguyên nhân, thực phẩm hữu cơ vẫn chưa thực sự phổ biến được ông Nguyễn Anh Đức, Chủ tịch Hiệp hội các nhà bán lẻ Việt Nam, cho biết, xuất phát từ chênh lệch giá quá lớn. Theo đó, giá thực phẩm hữu cơ thường đắt gấp 3-4 lần so với sản phẩm thông thường, sản phẩm nhập khẩu thậm chí giá đắt hơn 10 lần.
Một nguyên nhân khác là người tiêu dùng vẫn chưa thực sự có niềm tin vào thực phẩm hữu cơ. Ông Đức cho rằng, để thị trường này phát triển rõ nét hơn, cần tháo gỡ một số rào cản như kéo giảm giá thành, Việt Nam cần có quy chuẩn chung trong cấp chứng nhận sản phẩm hữu cơ thay vì theo thang bậc của quốc tế. Đặc biệt, cần có nhạc trưởng định hướng về mặt vĩ mô để đồng bộ trong quy hoạch nguồn nguyên liệu sản xuất, có sự phân công hóa giữa các địa phương.