Cụ thể, Bộ GTVT đề nghị cần làm rõ điều kiện chuyển tiếp của Luật PPP; cơ chế chia sẻ phần tăng giảm doanh thu; điều chỉnh thời hạn hợp đồng dự án; thanh toán phần vốn nhà nước; quyết toán dự án; quy định về đền bù do chấm dứt hợp đồng trước thời hạn; điều chỉnh, bổ sung hạng mục công trình, điều chỉnh giải pháp kỹ thuật, biện pháp thi công.
Trong đó, về cơ chế chia sẻ doanh thu, Bộ GTVT đề xuất phương án chỉ chia sẻ phần doanh thu tăng, không chia sẻ phần doanh thu giảm, tuy nhiên các nhà đầu tư đề nghị cần chia sẻ rủi ro trong cả trường hợp tăng và giảm để đảm bảo công bằng khi ký hợp đồng.
Về phần quyết toán vốn ngân sách nhà nước hỗ trợ dự án cũng đang có sự khác biệt giữa quy định của Luật PPP (hiệu lực thi hành từ 1-1-2021) so với phương án đầu tư xây dựng dự án đường cao tốc Bắc - Nam được Quốc hội thông qua tại Nghị quyết 52.
Bộ GTVT cũng cho biết, do yêu cầu tiến độ rất gấp, các bộ, ngành cần sớm có ý kiến về các nội dung còn tồn tại, vướng mắc. Trường hợp chưa thể quyết định ngay hoặc cần thêm thời gian để báo cáo cấp có thẩm quyền, Bộ GTVT sẽ cùng nhà đầu tư ghi nhận trong quá trình đàm phán, ký hợp đồng và tiếp tục cập nhật trong quá trình triển khai thực hiện.