Theo cơ quan thanh tra, trong việc tái cơ cấu doanh nghiệp nhà nước, ở giai đoạn trên, Bộ GTVT chưa thực hiện xong việc chuyển đổi, sắp xếp lại Công ty Cơ khí ô tô và thiết bị điện Đà Nẵng, nhưng đã tách riêng giá trị vốn nhà nước của đơn vị này ra khỏi giá trị vốn nhà nước là không đúng với quy định của Chính phủ.
Bộ GTVT có quyết định chuyển 6 doanh nghiệp từ khu quản lý đường bộ 7 về làm đơn vị thành viên của Tổng Công ty Xây dựng công trình giao thông 6 (Cienco 6) là chưa phù hợp với đề án tái cơ cấu Cienco 6 được Bộ GTVT phê duyệt. Trong khi đó, về công tác cổ phần hóa tại Tổng Công ty cổ phần Tái Bảo hiểm Quốc gia Việt Nam, Thanh tra Chính phủ nhận định, khi thực hiện thoái vốn, Công ty Chứng khoán Ngân hàng Công thương không phát hành chứng thư thẩm định giá tại 3 doanh nghiệp mà chỉ có báo cáo đánh giá khả năng chuyển nhượng các khoản đầu tư tài chính là chưa thực hiện đúng quy định.
Đối với Tổng Công ty Hàng không Việt Nam, Thanh tra Chính phủ kết luận, đơn vị này đã thoái toàn bộ vốn tại Công ty cổ phần Khách sạn Hàng không. Tuy nhiên, việc đầu tư chưa đạt được hiệu quả sử dụng vốn do nhiều nguyên nhân chủ quan, khách quan dẫn đến thời gian triển khai dự án xây dựng khách sạn Hàng không chậm, kéo dài 21 năm, không đạt mục tiêu đề ra trong việc xây dựng và hình thành khách sạn 4 sao…
Liên quan tới những vi phạm trong tái cơ cấu doanh nghiệp nhà nước, chuyển đổi mục đích sử dụng đất từ sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp nhà nước…, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ GTVT tổ chức kiểm điểm, xử lý nghiêm tổ chức, cá nhân sai phạm và có phương án khắc phục. Cơ quan thanh tra kiến nghị Bộ GTVT xem xét trách nhiệm, bồi thường thiệt hại với việc giảm vốn, mất vốn nhà nước khi cổ phần hóa, thoái vốn, với giá trị hơn 396 tỷ đồng.
