Theo Thanh tra Chính phủ, trong quá trình cổ phần hóa và thoái vốn tại doanh nghiệp trên đã phát sinh những hạn chế, thiếu sót và vi phạm như trình tự, thủ tục cổ phần hóa không thực hiện theo quy định; việc xác định giá trị tài sản không đúng suất vốn đầu tư xây dựng trên đất dẫn đến giá trị tài sản được đánh giá chênh lệch giảm so với quy định.
Việc xác định giá trị tài sản là quyền sử dụng đất cũng có những vi phạm như đơn vị thẩm định giá không xác định lại giá trị quyền sử dụng đất 25 căn biệt thự thuộc khu biệt thự Phương Nam; không xác định lại giá trị quyền sử dụng đất dự án khu đô thị du lịch sinh thái Đại Phước mà sử dụng tập hợp chi phí đầu tư và giá trị quyền phát triển dự án để tính vào giá trị doanh nghiệp cổ phần hóa là không đúng quy định của Chính phủ.
Thanh tra Chính phủ cũng chỉ ra, trong quá trình quyết toán giá trị vốn nhà nước, Công ty Đầu tư phát triển xây dựng đã hạch toán các khoản lỗ của 3 công ty con vào giá trị vốn nhà nước để bàn giao sang công ty cổ phần là không đúng quy định của Chính phủ. Cùng với đó là nhiều vi phạm khác trong việc phát hành cổ phiếu riêng lẻ; trình tự, thủ tục thoái vốn và xác định giá cổ phần vốn nhà nước…
Cơ quan thanh tra xác định, những vi phạm trên có trách nhiệm của lãnh đạo Bộ Xây dựng giai đoạn 2007-2009 và giai đoạn 2016-2017; có trách nhiệm của Ban Chỉ đạo cổ phần hóa Công ty Đầu tư phát triển xây dựng. Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo Bộ Xây dựng kiểm điểm các cá nhân liên quan; đồng thời, đôn đốc các cá nhân, tổ chức khắc phục số tiền vi phạm; làm rõ việc chỉ đạo về giá chào bán cổ phiếu riêng lẻ năm 2009; xác định lại giá trị tài sản là quyền sử dụng đất dự án khu đô thị du lịch sinh thái Đa Phước (tỉnh Đồng Nai).
