Theo kết luận của TTCP, qua thanh tra 32 dự án và 3 trường hợp chuyển đổi nhà đất công có vị trí đặc địa sang mục đích khác (giai đoạn 2010 - 2017), phát hiện sai phạm với nhiều mức độ khác nhau.
Theo đó, có các cơ sở nhà đất thuộc sở hữu nhà nước quản lý đã chuyển quyền sử dụng đất và tài sản gắn liền với đất.
Cụ thể, tại dự án nhà đất số 68 Thống Nhất (phường Vạn Thắng, thành phố Nha Trang), TTCP kết luận chi nhánh Công ty cổ phần đấu giá và dịch vụ bất động sản Thiên Việt Khánh Hòa đã không niêm yết việc bán đấu giá tài sản tại nơi đấu giá; không thực hiện đầy đủ việc thông báo công khai ít nhất 2 lần, mỗi lần cách nhau 3 ngày trên phương tiện thông tin đại chúng về việc bán đấu giá tài sản. TTCP kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo UBND tỉnh Khánh Hòa xác định lại tiền sử dụng đất, chống thất thu ngân sách nhà nước; kiểm tra việc thực hiện quyết định của Thủ tướng về việc sắp xếp lại, xử lý nhà, đất thuộc sở hữu nhà nước và các quyết định có liên quan khi bán tài sản và chuyển nhượng quyền sử dụng đất tại 68 Thống Nhất.
Nhà đất số 1 đường Quang Trung (phường Vạn Thắng, Nha Trang) không có trong phương án sắp xếp lại, xử lý nhà đất thuộc sở hữu nhà nước đã được UBND tỉnh Khánh Hòa phê duyệt. TTCP kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo tỉnh Khánh Hòa kiểm tra, rà soát việc thực hiện quyết định của Thủ tướng "về việc sắp xếp lại, xử lý nhà, đất thuộc sở hữu nhà nước" và các quy định của pháp luật có liên quan khi bán tài sản và chuyển quyền sử dụng đất tại số 1 đường Quang Trung. TTCP cũng kiến nghị UBND tỉnh Khánh Hòa xác định lại giá đất để thu tiền sử dụng đất, chống thất thu ngân sách nhà nước đối với cơ sở nhà đất trên.
Đối với dự án nhà đất số 9B đường Hoàng Hoa Thám, phường Lộc Thọ, thành phố Nha Trang, không niêm yết việc bán đấu giá tài sản tại nơi bán đấu giá; không thực hiện việc thông báo công khai việc bán đấu giá. Theo TTCP, chịu trách nhiệm về vi phạm tại dự án nhà đất số 9B đường Hoàng Hoa Thám là chủ tịch UBND tỉnh Khánh Hòa và giám đốc các sở ngành có liên quan.
Ngoài ra, theo kết luận thanh tra, đối với dự án khu trung tâm thương mại dịch vụ và khách sạn Đông Hải (phường Cam Thuận, TP Cam Ranh), UBND tỉnh Khánh Hòa lựa chọn chủ đầu tư không thông qua đấu thầu. Việc cho thuê đất thực hiện dự án trái với quy hoạch sử dụng đất và không có trong kế hoạch sử dụng đất kỳ đầu 2011-2015 của TP Cam Ranh, vi phạm pháp luật về đất đai. TTCP kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo UBND tỉnh Khánh Hòa chấm dứt hoạt động của dự án đầu tư, thu hồi giấy chứng nhận đầu tư và thu hồi lại đất đã giao, cho thuê đối với dự án theo trình tự, thủ tục quy định.
Đối với khu du lịch nghỉ dưỡng Trần Thái (phường Cam Nghĩa, TP Cam Ranh), UBND tỉnh Khánh Hòa lựa chọn chủ đầu tư không thông qua đấu thầu. Việc bán tài sản Nhà nước theo giá trị còn lại theo hình thức chỉ định mà không bán đấu giá công khai rộng rãi là vi phạm pháp luật về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước. TTCP kiến nghị Khánh Hòa rà soát, làm rõ nguyên nhân, lý do và căn cứ thực hiện việc điều chỉnh tăng diện tích đất dự án và nhiều lần điều chỉnh quy hoạch chi tiết 1/500. Rà soát nguyên nhân và trách nhiệm để xảy ra tình trạng chậm tiến độ kéo dài; rà soát, xác định lại tiền sử dụng đất, chống thất thu ngân sách.
TTCP cũng chỉ ra, khu đất 102 Dương Hiến Quyền (phường Vĩnh Hòa, TP Nha Trang) làm khách sạn Horizon Nha Trang diện tích 1.640m2 không thông qua đấu thầu.
5 dự án có nguồn gốc đất do doanh nghiệp Nhà nước quản lý sử dụng, gồm: tổ hợp khách sạn Mường Thanh Nha Trang (60 Trần Phú); dự án khách sạn Xanh - Nha Trang 2; dự án cao ốc Khách sạn - thương mại Khatoco; khách sạn Starcity; dự án số 18 Trần Hưng Đạo.
5 dự án sử dụng đất công để làm khách sạn, kinh doanh bất động sản, dự án khác gồm: Dự án nhà ở cao cấp Hoàng Phú, cao ốc văn phòng Cattiger 12 Lê Thánh Tôn, chung cư 04 Tố Hữu; trung tâm thương mại nhà ở Tân Tân; công viên văn hóa, giải trí, thể thao Nha Trang Sao.
TTCP kiến nghị Thủ tướng xử lý kỷ luật nghiêm minh trách nhiệm cá nhân và trách nhiệm người đứng đầu đối với chủ tịch UBND tỉnh Khánh Hòa; kiến nghị hình thức xử lý kỷ luật phù hợp đối với các phó chủ tịch UBND tỉnh có liên quan về những vi phạm; kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm và theo thẩm quyền có hình thức xử lý kỷ luật phù hợp đối với thủ trưởng các sở, ngành, đơn vị có liên quan và chỉ đạo xử lý cán bộ thuộc thẩm quyền của các sở, ngành, đơn vị thuộc tỉnh.