Qua thanh tra, có 2 đơn vị thu phí, lệ phí nhưng chưa nộp kịp thời đầy đủ vào Kho bạc Nhà nước để tọa chi 1,901 tỷ đồng là chưa đúng quy định. Trong đó, Trường ĐH Kiến trúc Hà Nội 1,802 tỷ đồng, Viện Kiến trúc Hà Nội 99 triệu đồng. Ngoài ra Trường ĐH Kiến trúc Hà Nội chưa thực hiện nộp hồ sơ kê khai và quyết toán phí, lệ phí theo tháng và cả năm 2016 với cơ quan thuế.
Trong khi đó 2 trường ĐH Kiến trúc Hà Nội và ĐH Kiến trúc TPHCM thu lệ phí, học phí cao hơn mức quy định hơn 4,71 tỷ đồng. Trường ĐH Kiến trúc Hà Nội thu phí dự thi thạc sĩ, tiến sĩ, văn bằng 2… cao hơn quy định tại điều 3 Thông tư Liên tịch số 40/2015 liên Bộ Tài chính - Bộ GD-ĐT với số tiền trên 157 triệu đồng. Trường ĐH Kiến trúc TPHCM thu học phí cao hơn mức trần học phí quy định tại Nghị định 86/2015 của Chính phủ với số tiền hơn 4,56 tỷ đồng. Đáng nói, 2 trường này còn thu một số khoản không có trong danh mục phí, lệ phí hơn 1,08 tỷ đồng.
Nghiêm trọng hơn, Trường ĐH Kiến trúc Hà Nội, Trường ĐH Kiến trúc TPHCM đã chi một số khoản phụ cấp không có trong quy định của Nhà nước với số tiền hơn 6,37 tỷ đồng. Trường ĐH Kiến trúc Hà Nội còn chi tiền thanh toán vượt giờ cao hơn quy định hơn 634 triệu đồng; trong đó, 79 trường hợp là giảng viên có số giờ giảng cao hơn 1,5 lần so với giờ giảng vượt trung bình của giảng viên trong bộ môn.
Thanh tra Bộ Tài chính kiến nghị Bộ Xây dựng và các đơn vị trực thuộc phải chấn chỉnh công tác thu học phí, lệ phí, không đúng quy định; tiền thu phí, lệ phí không nộp đầy đủ, kịp thời vào kho bạc nhà nước; chưa nộp hồ sơ kê khai và quyết toán phí, lệ phí theo quy định. Đồng thời, Bộ Xây dựng chỉ đạo các đơn vị trực thuộc chấn chỉnh những tồn đọng qua công tác thanh tra, thực kiện kiểm điểm, xác định rõ trách nhiệm của các tập thể, cá nhân liên quan.
