Kết luận đã chỉ ra nhiều tồn tại, sai phạm của các cơ quan quản lý nhà nước tỉnh Đồng Nai, đó là việc lập phê duyệt các phương án bồi thường, hỗ trợ và tái định cư (BT-TĐC) đối với các phương án được ký trước ngày 1-7-2014 mà chỉ có nội dung xác định mức bồi thường, hỗ trợ cho từng đối tượng bị thu hồi...
Công tác BT-TĐC còn chậm mặc dù đã có phương án bồi thường, hỗ trợ từ các năm 2004, 2005, 2006 nhưng đến thời điểm thanh tra vẫn còn diện tích 18,88ha đất chưa hoàn thành bồi thường, giải phóng mặt bằng; phương án còn bị phê duyệt điều chỉnh lại 6 lần; không tổ chức thực hiện bàn giao đất ngoài thực địa với diện tích 294.203m² cho Công ty CP Thống Nhất triển khai thực hiện chưa thực hiện đúng quy định của Luật Đất đai năm 2003.
Tổng cục Quản lý đất đai kiến nghị UBND tỉnh Đồng Nai chỉ đạo cơ quan TN-MT cấp tỉnh và cấp huyện kiểm điểm, rút kinh nghiệm; chỉ đạo UBND huyện Trảng Bom hoàn thành giải quyết dứt điểm việc bồi thường, hỗ trợ, giải phóng mặt bằng đối với phần diện tích còn lại tại dự án; phối hợp với cơ quan chuyên môn của tỉnh kiểm tra, xử lý dứt điểm đơn thư, khiếu kiện của người dân liên quan đến việc thu hồi, BT-TĐC; chỉ đạo cơ quan chuyên môn của tỉnh, thực hiện việc thanh tra, kiểm tra và xử lý đối với trường hợp thuê đất, thuê lại đất trong KCN nhưng không đưa đất vào sử dụng (Công ty TNHH ô tô Bắc Quang và Công ty TNHH Hua Chi Việt Nam); chỉ đạo Cục Thuế tỉnh tính toán lại số tiền thuê đất được miễn do điều chỉnh giảm diện tích thuê đất từ hơn 20.000m² xuống còn 14.500m².