TTCP kết luận đối với nội dung quy hoạch và thực hiện quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất của tỉnh Phú Thọ tại một số huyện trong thời gian trên đã không có quy hoạch hoặc chậm làm quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất dẫn đến ảnh hướng tới công tác quản lý, sử dụng đất, làm chậm quá trình phát triển kinh tế - xã hội của địa phương.
Việc quản lý đất đối với một số dự án (Dự án Khu nhà ở tại phường Nông Trang, TP Việt Trì), dự này theo quy định phải được đấu giá, nhưng UBND tỉnh Phú Thọ cho phép chuyển mục đích sử dụng đất để không đấu giá. TTCP cho rằng, theo quy định vẫn được phép chuyển mục đích sử dụng, nhưng phải điều chỉnh và hoàn thiện lại trình tự, thủ tục. Trong 6 dự án trên địa bàn tỉnh, có 4 dự án chậm tiến độ, chậm nộp tiền sử dụng đất; quá trình thanh tra cũng đã phát hiện có dự án sai phạm về tài chính.
Đối với nội dung thanh tra quản lý, xây dựng một số dự án từ nguồn ngân sách nhà nước. TTCP cho rằng, qua quá trình thanh tra phát hiện công tác sát lập, thẩm định và phê duyệt dự án đầu tư còn nhiều hạn chế, chất lượng thấp, chưa sát với thực tế, một số dự án phải điều chỉnh trong quá trình thực hiện; có dự án cắt giảm hạng mục này, tăng khối lượng đối với hạng mục khác với giá trị lớn vượt so với giá trị được phê duyệt ban đầu; trình tự lập, thẩm định, phê duyệt và phê duyệt điều chỉnh dự án đầu tư chưa đúng..., điển hình là các dự án: Dự án điều chỉnh tuyến quốc lộ 32C đoạn qua TP Việt Trì, Dự án Khu công nghiệp Thụy Vân…
TTCP cho biết, từ những hạn chế, yếu kém trong công tác khảo sát, lập thẩm định, phê duyệt dự án đầu tư, thiết kế thi công, quản lý tiến độ, các dự án thực hiện còn chậm so với tiến độ được duyệt, dẫn đến hiệu quả dự án chưa cao. Đặc biệt, tai dự án cải tạo, nâng cấp đường vùng chậm lũ đoạn huyện Thanh Sơn – Bến Ngọc – La Phù, chủ đầu tư lập báo cáo quyết toán dự án hoàn thành chậm 11 tháng; dự án này chưa được thẩm tra, phê duyệt quyết toán hoàn thành. Trách nhiệm thuộc Sở Tài chính Phú Thọ và chủ đầu tư, Ban quản lý dự án.
Quá trình thanh tra phát hiện sai phạm về tài chính ở các gói thầu. Cụ thể, công tác lập, thẩm định, phê duyệt dự toán và nghiệm thu thanh toán các gói thầu, đề xuất quyết toán, điều chỉnh giá không đúng quy định, định mức theo quy định của Bộ Xây dựng; tổng số tiền sai phạm được phát hiện là gần 43 tỷ đồng.
Kết quả kiểm tra đối với công tác quản lý trong hoạt động khoáng sản. Trong giai đoạn trên, UBND tỉnh Phú Thọ không thực hiện quy đổi từ số lượng quặng khoáng sản thành phẩm ra số lượng quặng khoáng sản nguyên khai để tính phí bảo vệ môi trường, việc này các sở, ngành cũng không có tham mưu cho UBND tỉnh dẫn đến thất thu đáng kể cho ngân sách nhà nước. Bên cạnh đó là công tác lập, thẩm định, phê duyệt quy hoạch cũng có những sai phạm.
TTCP cũng phát hiện sai phạm về tài chính trong hoạt động khoáng sản, tổng số tiền sai phạm được phát hiện là hơn 24 tỷ đồng.
Từ những sai phạm trên, TTCP kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo UBND tỉnh Phú Thọ thực hiện, chấn chỉnh những tồn tại, thiếu sót, vi phạm trong công tác quản lý, sử dụng đất đai, đầu tư xây dựng và khai thác tài nguyên khoáng sản. Đồng thời, rà soát, đôn đốc các chủ đầu tư dự án đang còn nợ đọng tiền sử dụng đất, tiền thuê đất và các khoản thuế; với những trường hợp cố tình không thực hiện, tỉnh báo cáo Bộ Tài chính để trình Chính phủ và Quốc hội xem xét, xử lý.
Giao UBND tỉnh thu hồi số tiền hơn 72 tỷ đồng do các chủ đầu tư còn nợ tiền sử dụng đất, tiền thuê đất, tiền chậm nộp, tiền ký quỹ, thuế tài nguyên, phí bảo vệ môi trường. Liên quan tới việc này, TTCP đề nghị UBND tỉnh Phú Thọ tổ chức kiểm điểm trách nhiệm các tập thể, cá nhân thuộc UBND tỉnh, các Sở: KH-ĐT, TN-MT, Xây dựng, Tài chính, NN&PTNT, GT-VT, Cục Thuế, Ban Quản lý các Khu công nghiệp, UBND TP Việt Trì, UBND Thị xã Phú Thọ, UBND huyện Thanh Sơn và UBND huyện Tân Sơn…