Theo TTCP, công tác quản lý xây dựng, đất đai, môi trường tại các khu công nghiệp và khu đô thị trên địa bàn TPHCM giai đoạn trên còn một số tồn tại, vi phạm. Cụ thể, tại các khu công nghiệp Tây Bắc Củ Chi, Tân Tạo, Tân Tạo mở rộng, Vĩnh Lộc (huyện Bình Chánh), Tân Bình, Tân Bình mở rộng đều có những vi phạm, chủ yếu về lĩnh vực thuê đất. Doanh nghiệp thuê đất trong các khu công nghiệp trên nhưng không đưa vào khai thác, sử dụng (để đất trống) dẫn đến lãng phí tài nguyên với diện tích hơn 53.000m2.
Bên cạnh đó, việc chuyển đổi nhà, đất công có vị trí đắc địa sang mục đích khác còn nhiều khuyết điểm và vi phạm. Theo TTCP, các sở, ngành của thành phố đã tham mưu UBND TPHCM quyết định chỉ định chủ đầu tư, phê duyệt dự án, chuyển mục đích sử dụng nhà, đất tại một số vị trí được thanh tra thuộc đối tượng phải đấu thầu dự án và đấu giá quyền sử dụng đất không đúng các quy định của pháp luật về quản lý đất đai, tài sản tại một số dự án.
Cùng với đó, TTCP cũng cho rằng, qua thanh tra còn phát hiện một số khuyết điểm, vi phạm trong thẩm định và phê duyệt tiền sử dụng đất. Các sai phạm chủ yếu gồm các nội dung: sử dụng thông tin về giá tại các vị trí đất làm tài sản so sánh nhưng hầu hết chưa có giao dịch chuyển nhượng thành công trên thị trường (vi phạm quy định về xác định giá đất); lập, thẩm định và phê duyệt giá khi chưa có quyết định giao đất; phê duyệt suất đầu tư xây dựng công trình hạ tầng kỹ thuật không đúng quy định; áp dụng đơn giá cho thuê thấp nhất thay đơn giá cho thuê bình quân; một số dự án đầu tư được điều chỉnh quy hoạch 1/500 sau khi đã xác định tiền sử dụng đất, trong đó nhiều chỉ tiêu quy hoạch cơ bản được thay đổi, làm tăng giá trị đất, nhưng UBND TPHCM không xác định lại giá trị quyền sử dụng đất theo quy định, nguy cơ gây thất thu ngân sách nhà nước.
TTCP khẳng định, trách nhiệm trước hết thuộc lãnh đạo các sở, ngành, UBND TPHCM và các cá nhân liên quan do chưa chấp hành nghiêm các quy định của pháp luật về quản lý quy hoạch, sử dụng đất đai, đầu tư, xây dựng. Việc thực hiện chỉ định nhà đầu tư thực hiện các dự án không đúng quy định; xác định giá trị tiền sử dụng đất không đúng quy định; quản lý đầu tư, xây dựng thiếu chặt chẽ, có nơi bị buông lỏng, tình trạng vi phạm quy hoạch, giấy phép xây dựng còn diễn ra nhưng chưa được kiểm tra và xử lý kịp thời... Hậu quả, nhiều dự án không hoặc kém hiệu quả, chậm tiến độ...
Từ những vi phạm trên, TTCP kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo Bộ TN-MT chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính rà soát và xử lý, đảm bảo thống nhất trong việc xác định, phê duyệt giá trị tiền sử dụng đất đối với các dự án; cùng với UBND TPHCM rà soát lại các dự án để có biện pháp xử lý, tránh thất thoát tài sản nhà nước… TTCP cũng kiến nghị xử lý trách nhiệm tại UBND TPHCM đối với các tập thể, cá nhân liên quan. Nếu vượt thẩm quyền, có dấu hiệu hình sự cần báo cáo cấp có thẩm quyền.