Theo đó, cho đến ngày 31-12-2010, Công ty Cà phê Đắk Nông còn nợ Tổng Công ty Cà phê Việt Nam 5,429 tỷ đồng tiền gốc và Tổng Công ty lại vay Công ty Cà phê Đắk Nông trên 2 tỷ đồng. Việc tổng công ty vay của đơn vị đang nợ mình là không đúng và không phù hợp thực tế của một công ty đang thiếu vốn để sản xuất kinh doanh.
Giai đoạn 2010 - 2013, tỷ lệ nợ phải trả của Công ty Cà phê Đắk Nông cao hơn 5,6 lần so với nguồn vốn chủ sở hữu. Công ty đang mất cân đối tài chính, vốn phục vụ sản xuất kinh doanh phụ thuộc vào nguồn vốn vay và nợ phải trả, việc lãi vay lớn dẫn đến mất khả năng trả nợ. Trong khi đó, tài sản của công ty này không đủ để bù đắp các khoản...
Đến thời điểm thanh tra, Công ty Cà phê Đắk Nông chưa có quy hoạch sử dụng đất chi tiết được UBND tỉnh Đắk Nông phê duyệt. Công ty bàn giao 744,9ha đất về cho UBND huyện Tuy Đức, nhưng huyện chỉ mới cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho 15 hộ, còn lại huyện không quản lý được hết từ năm 2008 đến nay. Một số diện tích đất sử dụng sai mục đích, làm nhà ở, vườn ở; người nhận khoán đất tự chuyển nhượng, chuyển đổi cây trồng đan xen, phá bỏ cây trồng chính để chuyển sang loại cây mới; đất được giao quản lý sử dụng không hiệu quả nên phải thu hồi về địa phương chiếm tỷ lệ lớn.
Công ty Cà phê Đắk Nông còn tạm ứng tiền cho cán bộ đi mua đất và bố trí đất trụ sở cơ quan làm nhà ở cho cán bộ không đúng quy định. Trong quản lý rừng và đất đai, công ty để cho người dân tàn phá hàng ngàn hecta rừng tự nhiên và chiếm dụng đất để sản xuất nông nghiệp. Việc giao khoán đất canh tác cà phê cho người dân cũng không được công ty thực hiện theo đúng quy định của pháp luật.
Hàng trăm hộ dân mặc dù được giao đất để sản xuất cà phê, nhưng lại không có hợp đồng giao khoán. Tỷ lệ thu phần trăm sản phẩm sau khi giao khoán đất đối với các hộ dân cũng không được công ty tính toán một cách hợp lý, dẫn đến việc thất thu sản phẩm. Trong quá trình giao khoán đất nông nghiệp, công ty này đã buông lỏng quản lý, để cho hơn 200 hộ dân chiếm dụng đất để làm đất ở.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng giao Bộ NN-PTNT chỉ đạo kiểm tra, đôn đốc Tổng Công ty Cà phê Việt Nam, Công ty Cà phê Đắk Nông tiếp tục thực hiện công tác sắp xếp, đổi mới và phát triển, nâng cao hiệu quả hoạt động của công ty; kiểm điểm, xử lý trách nhiệm của các cá nhân, tập thể; rà soát và thực hiện các biện pháp xử lý dứt điểm các tồn đọng kéo dài trong thanh toán nợ của công ty.
Giao UBND tỉnh Đắk Nông tiếp tục giải quyết các kiến nghị của công dân; tổ chức kiểm tra rà soát để quản lý, sử dụng triệt để diện tích đất UBND tỉnh đã thu hồi giao cho công ty giao địa phương quản lý, sử dụng; xử lý theo quy định của pháp luật về việc lấn chiếm, sử dụng đất sai mục đích và các hành vi vi phạm pháp luật đất đai.
Chỉ đạo rà soát, phối hợp giải quyết dứt điểm các vụ việc khiếu nại phức tạp kéo dài trên địa bàn Đắk Ngo (huyện Tuy Đức) theo thẩm quyền.