Đơn cử, KCX Linh Trung 1, 2 đang phải chịu cảnh áp lực nước thủy cục tương đối yếu so với nhu cầu, đôi khi bị mất nước hoặc nước chưa đạt tiêu chuẩn. KCN Tân Tạo cũng đang đối mặt với tình trạng áp lực nước yếu không đủ lưu lượng cung cấp cho doanh nghiệp hoạt động sản xuất. Trong khi đó, KCN Bình Chiểu lại đang khó khăn trong việc nhận lại 10% phí bảo vệ môi trường do các doanh nghiệp đóng tiền nước trực tiếp cho Công ty CP Cấp nước Thủ Đức nhưng đơn vị đóng phí xả nước thải công nghiệp lại là KCN Bình Chiểu.
Để gỡ khó cho các đơn vị, Ban Quản lý các KCN-KCX kiến nghị Sở TN-MT tăng cường kiểm tra, giám sát hoạt động tài nguyên nước, khai thác và sử dụng nước dưới đất đối với các KCN và doanh nghiệp có khai thác nước trong khu; đồng thời tham mưu thành phố ban hành vùng khai thác và hạn chế khai thác, thực hiện theo lộ trình giảm khai thác nước dưới đất. Đồng thời, kiến nghị Tổng công ty Cấp nước Sài Gòn đảm bảo chất lượng nước đạt quy chuẩn kỹ thuật cung cấp cho sinh hoạt và sản xuất trong các KCN-KCX.