Các định mức, đơn giá vật tư đặc thù quá cao, tổng mức đầu tư thay đổi nhiều lần, giải ngân chậm, dẫn đến đội giá hàng ngàn tỷ đồng mỗi dự án. Cụ thể, Bộ GTVT có 42 dự án thì có đến 27 dự án (65% số dự án) đội vốn tăng thêm 122.350 tỷ đồng và 97 triệu USD.
Điển hình như dự án nâng cao an toàn cầu đường sắt trên tuyến Hà Nội - TPHCM điều chỉnh vốn đến 3 lần, tăng hơn 6.800 tỷ đồng (bằng 275%) so với ban đầu; dự án kết nối khu vực trung tâm Đồng bằng sông Mê Công điều chỉnh tăng 3.000 tỷ đồng; dự án Thủy điện Huội Quảng đội vốn gần 5.800 tỷ đồng; dự án xây dựng tuyến đường sắt đô thị số 1 TPHCM (tuyến Bến Thành - Suối Tiên) điều chỉnh tăng gần 30.000 tỷ đồng (bằng 172%); dự án đường sắt đô thị Cát Linh - Hà Đông tự điều chỉnh tăng hơn 200% từ 8.770 tỷ đồng lên 18.000 tỷ đồng…
Nguyên nhân chi phí tăng là do các dự án ODA sử dụng tư vấn quốc tế với chi phí cao gấp 7 - 10 lần so với trong nước (lương của chuyên gia tư vấn thiết kế nước ngoài từ 20.000 - 25.000USD/tháng, trong khi chuyên gia trong nước chỉ 2.000USD/tháng). Quy định thanh toán bằng đồng ngoại tệ cũng làm chi phí tăng khi biến động tỷ giá. Kiểm toán Nhà nước còn nhận xét, các dự án ODA đàm phán nhiều điều khoản bất lợi trong hợp đồng, chỉ có lợi cho nhà thầu hoặc phải chỉ định nhà thầu nước ngoài, hoặc buộc sử dụng hàng hóa dịch vụ có nguồn gốc từ quốc gia cho vay vốn ODA.
