Danh mục đầu tư này được xác định theo khả năng bố trí nguồn lực cho ngành trên tổng GDP; khả năng huy động nguồn vốn; ưu tiên đầu tư hành lang vận tải chính, kết nối các vùng kinh tế trọng điểm có đóng góp GDP lớn; từng bước nâng cao tỷ trọng đầu tư cho các vùng còn khó khăn, có tỷ lệ đầu tư so với dân số thấp như Tây Nguyên, Tây Bắc, ĐBSCL.
Trong danh mục 25 công trình được ưu tiên đầu tư có nhiều dự án khu vực phía Nam như: Vành đai 3 TPHCM và các đường cao tốc Châu Đốc - Cần Thơ - Sóc Trăng - Trần Đề, An Hữu - Cao Lãnh, Chơn Thành - Đức Hòa, Mỹ An - Cao Lãnh, Cao Lãnh - Lộ Tẻ - Rạch Sỏi, TPHCM - Mộc Bài, TPHCM - Chơn Thành, Dầu Giây - Tân Phú - Bảo Lộc, Hà Tiên - Rạch Giá… Bộ GTVT cũng cho biết, nguồn vốn ngân sách nhà nước sẽ ưu tiên hỗ trợ các dự án đầu tư theo hình thức đối tác công- tư với vai trò là vốn mồi, đầu tư các dự án không thu hút được nguồn vốn ngoài ngân sách, các dự án ở vùng khó khăn.
Bên cạnh các nguồn vốn như PPP, ODA, ngân sách, Bộ GTVT kiến nghị cấp có thẩm quyền quan tâm khai thác có hiệu quả nguồn lực từ tài sản kết cấu hạ tầng được đầu tư bằng nguồn ngân sách thông qua hình thức nhượng quyền khai thác. Bên cạnh đó, Bộ GTVT đề nghị các địa phương nghiên cứu, triển khai quy hoạch chi tiết và có cơ chế thu từ khai thác quỹ đất hai bên tuyến để đầu tư phát triển kết cấu hạ tầng đường bộ.