Việc quản lý sử dụng vốn, tài sản của các doanh nghiệp được kiểm toán còn một số hạn chế, tồn tại. Phần lớn đơn vị còn sai sót trong việc hạch toán kế toán, kê khai nghĩa vụ với ngân sách nhà nước nên qua kiểm toán phải điều chỉnh tài sản, nguồn vốn, doanh thu, chi phí và kiến nghị tăng thu ngân sách nhà nước 1.976,07 tỷ đồng. Nhiều đơn vị chưa ban hành quy chế quản lý tiền hoặc quản lý dòng tiền chưa hiệu quả; quản lý nợ chưa chặt chẽ, còn để phát sinh nợ phải thu quá hạn, khó đòi lớn; trích lập dự phòng nợ phải thu khó đòi, xóa nợ không đúng quy định. Một số đơn vị để vật tư, hàng hóa ứ đọng, chậm luân chuyển lớn; trích lập dự phòng giảm giá hàng tồn kho, khấu hao tài sản cố định không đúng quy định; đầu tư, sử dụng tài sản cố định không hiệu quả; một số dự án, công trình đã kết thúc, dừng thi công hoặc kéo dài thời gian thi công còn tồn đọng chi phí dở dang lớn, gây ứ đọng vốn. Một số đơn vị có hệ số nợ phải trả trên vốn chủ sở hữu cao; hệ số bảo toàn vốn thấp; chưa được góp đủ vốn điều lệ hoặc có vốn chủ sở hữu lớn hơn vốn điều lệ được phê duyệt nhưng chưa được cơ quan có thẩm quyền xử lý theo quy định; có dấu hiệu mất an toàn tài chính hoặc được đưa vào diện giám sát tài chính đặc biệt theo quy định tại Điều 24 Nghị định số 87/2015/NĐ-CP của Chính phủ.
Ngoài ra, công ty mẹ - Tập đoàn Hóa chất Việt Nam (Vinachem) không có khả năng thanh toán khoản vay đến hạn; công ty mẹ - Tập đoàn công nghiệp Cao su Việt Nam (VRG) bảo lãnh cho các công ty vay vốn tại các tổ chức tín dụng, phải trả nợ thay, chưa thu hồi 200,68 tỷ đồng. Nhiều công ty con của tập đoàn, tổng công ty sản xuất kinh doanh không hiệu quả, thua lỗ lớn, mất vốn chủ sở hữu, phải giải thể; một số khoản đầu tư của tập đoàn, tổng công ty vào công ty liên kết, đầu tư dài hạn khác bị thua lỗ, mất vốn. Một số đơn vị đầu tư ra nước ngoài không hiệu quả, chuyển vốn đầu tư ra nước ngoài khi chưa được cấp giấy chứng nhận đầu tư; trích lập dự phòng giảm giá đầu tư tài chính không đúng quy định; chi trả cổ tức chưa kịp thời; lập báo cáo giám sát, ban hành quy chế người đại diện vốn chưa đúng quy định; tình trạng sở hữu chéo tại các doanh nghiệp trong cùng tập đoàn, tổng công ty chưa được khắc phục. Việc quản lý chi phí, giá thành sản phẩm tại nhiều doanh nghiệp chưa chặt chẽ, định mức sản xuất kinh doanh chưa phù hợp với thực tế; chưa ban hành quy định về phân phối tiền lương, trích quỹ lương vượt quy định, chi vượt quỹ lương được duyệt, chưa đóng đầy đủ các loại bảo hiểm bắt buộc cho người lao động. Ngoài ra, công ty mẹ - Tổng công ty Xây dựng Sài Gòn không phản ánh vào kết quả kinh doanh của doanh nghiệp mà chuyển vào quỹ công đoàn 12,2 tỷ đồng tiền thu từ hoạt động cho thuê mặt bằng.
Một số đơn vị còn nhiều diện tích đất chưa sử dụng, sử dụng không đúng mục đích, bị lấn chiếm, tranh chấp, chưa thực hiện đầy đủ nghĩa vụ với ngân sách nhà nước, qua kiểm toán xác định tiền thuê đất, thuế sử dụng đất phải nộp tăng thêm; giao khoán đất cho hộ gia đình, cá nhân chưa đúng quy định; Tổng công ty Xây dựng Sài Gòn chuyển nhượng dự án hình thành trong tương lai khi chưa được UBND TPHCM chấp thuận. Một số công ty khai thác khoáng sản khi chưa được cấp phép hoặc giấy phép hết hạn; khai thác vượt mức sản lượng, công suất được cấp phép; chưa tạm tính và nộp tiền cấp quyền khai thác đối với phần sản lượng khai thác vượt mức... Nhiều tập đoàn, tổng công ty, công ty chưa thoái vốn đầu tư theo kế hoạch được duyệt, chậm thoái vốn khỏi lĩnh vực bất động sản, ngân hàng theo quy định của Chính phủ; còn vướng mắc trong việc xác định giá trị văn hóa lịch sử khi xác định giá trị doanh nghiệp. Ngoài ra, qua kiểm toán đối với các dự án sử dụng nguồn vốn tập đoàn, tổng công ty cho thấy: Phê duyệt dự án chưa có trong danh mục quy hoạch, quy hoạch vùng, ngành; trình thông qua chủ trương đầu tư khi chưa được xem xét, thẩm định, không đáp ứng yêu cầu về sự cần thiết đầu tư…
