Theo Thanh tra TPHCM, Bảo hiểm xã hội (BHXH) TP thực hiện tổng thu Bảo hiểm y tế (BHYT) từ 2014-2018 trên địa bàn TP hơn 44.191 tỷ đồng. Tuy nhiên, vẫn còn phát sinh nợ đọng tiền BHYT tính đến tháng 12-2019 gần 219 tỷ đồng. Tính đến tháng 9-2019, chi phí khám, chữa bệnh BHYT vượt quỹ, vượt trần năm 2017 của 151 cơ sở khám chữa bệnh là gần 159 tỷ đồng. Năm 2018, chi phí khám, chữa bệnh vượt dự toán và vượt trần hơn 186 tỷ đồng. Số tiền này chưa được BHXH Việt Nam chấp nhận thanh toán.
Thanh tra TP cũng xác định, Sở Y tế TP chưa phối hợp chặt chẽ với các sở, ngành trong quản lý, sử dụng nguồn kinh phí kết dư quỹ BHYT. Đồng thời Sở Y tế TP tham mưu, đề xuất trích kinh phí kết dư quỹ BHYT năm 2015 bổ sung quỹ khám, chữa bệnh cho người nghèo TP với số tiền 50 tỷ đồng (để hỗ trợ thực hiện chăm sóc sức khỏe, mua thẻ BHYT cho hộ nghèo, hộ cận nghèo TP) là chưa phù hợp. Trong khi đó, các sở, ngành chưa nghiên cứu kỹ các nội dung về quản lý, sử dụng kinh phí dành cho khám, chữa bệnh BHYT chưa sử dụng hết từ 1-10-2015 đến 31-12-2020 theo quy định. Điều này dẫn đến việc sử dụng nguồn kinh phí kết dư quỹ BHYT năm 2015, 2016, 2017 chưa hiệu quả…
Thanh tra TP cũng kết luận các Bệnh viện (BV) Ung Bướu, BV Nhân dân Gia Định, BV Nhi đồng 1 và Công ty cổ phần BV Đa khoa Hoàn Mỹ Sài Gòn, Công ty TNHH Trung tâm Y khoa Phước An, có sai sót trong việc thực hiện hồ sơ chẩn đoán dịch vụ kỹ thuật. Từ đó dẫn đến thanh toán chi phí khám, chữa bệnh BHYT chưa đúng, với tổng số tiền hơn 28 tỷ đồng. Việc sử dụng thuốc trong hoạt động khám chữa bệnh đề nghị thanh toán BHYT từ năm 2014 đến quý 2-2019 tại 5 đơn vị trên có sai sót về giá thuốc đề nghị thanh toán hơn 2,6 tỷ đồng.
Trước các sai phạm này, Thanh tra TP kiến nghị và được UBND TP chỉ đạo Sở Y tế TP tổ chức kiểm điểm các cá nhân có sai sót trong việc sử dụng thuốc thanh toán chi phí khám chữa bệnh BHYT, thực hiện đấu thầu, mua sắm thuốc chữa bệnh, trang thiết bị y tế và vật tư y tế nêu trên.