Báo cáo đã chỉ ra những bất cập, hạn chế trong đào tạo tiến sĩ tại Việt Nam trong thời gian qua.
Về quy mô tuyển sinh và đào tạo, giai đoạn 2000-2022, các cơ sở đào tạo trình độ tiến sĩ đã thực hiện tuyển mới được trên 32.000 nghiên cứu sinh, tỷ lệ tuyển mới tăng gần 5,5 lần, quy mô đào tạo tăng gần 6 lần. Tuy nhiên, tỷ lệ thí sinh trúng tuyển thấp hơn nhiều so với chỉ tiêu, trung bình những năm gần đây chỉ đạt trên 32%, dẫn tới nhiều nơi không có sự cạnh tranh, nảy sinh sự dễ dãi trong tuyển chọn đầu vào, đặc biệt là về năng lực nghiên cứu chuyên môn…
Mặt khác, Thông tư số 10/2009 quy định nghiên cứu sinh được kéo dài tối đa thời gian học đến 7 năm kể từ ngày có quyết định công nhận đến khi trình luận án để bảo vệ, nhưng không hạn định khoảng thời gian cụ thể từ khi thực hiện quy trình phản biện độc lập đến khi bảo vệ cấp trường. Từ đó dẫn đến khoảng trống pháp lý trong xử lý các trường hợp vượt quá thời gian đào tạo trong giai đoạn này.
Ngược lại, thời gian chuẩn trong đào tạo tiến sĩ theo Thông tư 08/2017 chỉ có 3 năm (tối đa là 5 năm, kể cả thời gian gia hạn) nên hầu hết thí sinh không thể hoàn thành luận án đúng theo thời gian chuẩn quy định, gây khó khăn trong tổ chức, quản lý hoạt động đào tạo.
Theo Ủy ban Văn hóa Giáo dục của Quốc hội, về cơ cấu tuyển sinh, khoảng 60%-70% thí sinh đến từ các cơ sở giáo dục, đào tạo, cơ quan nghiên cứu; gần 30% thí sinh đang công tác tại các cơ quan quản lý, hành chính sự nghiệp; thí sinh là các đối tượng khác như doanh nghiệp tư nhân hoặc đơn vị khác chiếm tỷ lệ không đáng kể.