Cầu Hạc Trì có tổng mức đầu tư hơn 1.900 tỷ đồng, được đưa vào khai thác sử dụng và thu phí hoàn vốn từ 0 giờ ngày 7-12-2015, thời gian hoàn vốn theo hợp đồng là 20 năm 8 tháng. Mức thu phí thấp nhất là 35.000 đồng/lượt/xe dưới 12 chỗ ngồi, cao nhất là 180.000 đồng/lượt/xe tải từ 18 tấn trở lên. Theo điều kiện hợp đồng, cứ 3 năm điều chỉnh giá vé một lần, mỗi lần tăng 9%.
Xe từ 12 ghế ngồi đến 30 ghế ngồi, xe tải có tải trọng từ 2 tấn đến dưới 4 tấn có giá 55.000 đồng/lượt (tăng 5.000 đồng so với vé đang thu), vé tháng là 1,635 triệu đồng, vé quý 4,415 triệu đồng.
Xe từ 31 ghế ngồi trở lên, xe tái có tải trọng từ 4 tấn đến dưới 10 tấn giá vé 81.000 đồng/lượt (tăng 6.000 đồng so với vé đang thu), vé tháng là 2,452 triệu đồng, vé quý là 6,62 triệu đồng.
Xe tải có tải trọng từ 10 tấn đến dưới 18 tấn và xe chờ hàng bằng container 20 feet giá vé 130.000 đồng lượt (tăng 10.000 đồng so với vé đang thu), vé tháng là 3,9 triệu đồng và vé quý là 10,59 triệu đồng.
Xe tải có tải trọng từ 18 tấn trở lên và xe chở hàng hằng container 40 feet giá vé cao nhất là 196.000 đồng/lượt (cao hơn 16.000 đồng với giá vé đang thu;) vé tháng là 5,88 triệu đồng và vé quý lên tới 15,8 triệu đồng.
Trước đó, trạm thu phí cầu Hạc Trì đã nhiều lần bị người dân phản đối, cản trở thu phí do mức giá cao và phương tiện bị ép đi vào cầu Hạc Trì. Từ khi có cầu Hạc Trì, cầu Việt Trì cũ đã được đặt biển cấm, thậm chí đặt ụ bê tông 2 đầu cầu để ngăn xe đi vào. Lực lượng cảnh sát giao thông cũng thường xuyên trực hướng dẫn phân luồng phương tiện sang cầu Hạc Trì.
Trước phản ứng của người dân, Bộ Giao thông Vận tải và Công ty cổ phần BOT cầu Việt Trì đã miễn phí cho phương tiện dưới 7 chỗ không kinh doanh của người dân phường Bạch Hạc đồng thời xem xét giảm phí cho phương tiện ô tô dưới 7 chỗ không kinh doanh của người dân xã Sông Lô, hoặc người dân có quê quán ở phường Bạch Hạc có hộ khẩu thường trú ở các xã, phường khác của thành phố Việt Trì. Đồng thời, xe dưới 7 chỗ vẫn được lưu thông qua cầu Việt Trì cũ.
