Ông Lê Phong Hải bị khởi tố về tội cố ý làm trái các quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng, đồng thời áp dụng biện pháp cấm đi khỏi nơi cư trú (thời gian điều tra 4 tháng) vì có liên quan đến vụ án “lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản” tại Công trình nạo vét thượng nguồn sông Ba Lai, thuộc Dự án thủy lợi Bắc Bến Tre được UBND tỉnh Bến Tre giao Sở NN-PTNT làm chủ đầu tư.
Trước đó, Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Bến Tre đã khởi tố vụ án “lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản” đối với Công ty trách nhiệm hữu hạn Đầu tư và Xây dựng Thành Long (trụ sở tại TPHCM, do ông Nguyễn Mạnh Hùng làm Tổng Giám đốc), đơn vị thi công nạo vét thượng nguồn sông Ba Lai. Công trình có tổng mức đầu tư 303,7 tỷ đồng, từ vốn trái phiếu Chính phủ, được triển khai thực hiện giai đoạn từ năm 2008-2012.
Cơ quan CSĐT xác định, ông Lê Phong Hải (thời điểm đó là Giám đốc Sở NN-PTNT, kiêm Trưởng Ban Quản lý Dự án Thủy lợi Bắc Bến Tre) là đại diện pháp nhân đơn vị chủ đầu tư đã thiếu trách nhiệm, làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế, gây thất thoát ngân sách hơn 6,8 tỷ đồng.
Chủ đầu tư đã lựa chọn nhà thầu không đủ năng lực; cho nhà thầu tạm ứng đến 50% giá trị hợp đồng trong khi chủ đầu tư chưa có mặt bằng giao cho đơn vị thi công. Hay trong 25 gói thầu của công trình có 11 gói thầu xây lắp, nhưng trong quá trình thực hiện hợp đồng thi công gói thầu số 5 và số 6 (của 11 gói thầu này), Công ty Thành Long không trực tiếp thi công mà thuê nhà thầu phụ làm thay.
Chưa hết, trong quá trình thuê thầu phụ, Công ty Thành Long không thanh toán vốn theo tiến độ, khiến nhà thầu phụ gặp nhiều khó khăn dẫn đến việc nạo vét trì trệ.
Ngoài ra, chứng thư bảo lãnh tiền tạm ứng hết hiệu lực nhưng chủ đầu tư không buộc nhà thầu gia hạn bảo lãnh tiền tạm ứng đã dẫn đến việc ông Nguyễn Mạnh Hùng chiếm dụng toàn bộ tiền tạm ứng…