Tại phiên tòa, sau khi các bên trình bày ý kiến, quan điểm, Đại diện Viện Kiểm sát Nhân dân TP Hà Nội giữ quyền công tố tiếp tục đề nghị Tòa tuyên hủy Quyết định 4674 của Bộ trưởng Bộ GD-ĐT. Đây là quan điểm xuyên suốt của Viện Kiểm sát Nhân dân TP Hà Nội kể từ khi phiên tòa được mở vào năm 2016 đến nay.
Theo hồ sơ vụ án, sự việc xảy ra kể từ khi ông Phạm Vũ Luận còn làm Bộ trưởng Bộ GD-ĐT. Ông Bùi Văn Ga khi đó là Thứ trưởng thay mặt Bộ trưởng ký vào Kết luận 1254/KL-BGDDT; đồng thời cũng chính ông Bùi Văn Ga ký vào Quyết định 4674.
Năm 2013, ông Hoàng Xuân Quế, tác giả của luận án tiến sĩ đề tài “Giải pháp hoàn thiện các công cụ chủ yếu của chính sách tiền tệ ở Việt Nam” bị tố cáo đã "đạo văn" của Tiến sĩ Mai Thanh Quế.
Điều lạ là người tố cáo ông Quế chính là GS. Nguyễn Văn Nam, cựu Hiệu trưởng Trường Đại học Kinh tế Quốc dân Hà Nội (nhiệm kỳ từ 2008-2013), ông Nam là chủ tịch 3 hội đồng chấm luận án của ông Hoàng Xuân Quế (bao gồm Hội đồng chấm chuyên đề luận án, Hội đồng chấm luận án cấp cơ cở và Hội đồng chấm luận án cấp nhà nước).
Trước sự việc này, ngày 3-10-2013, ông Hoàng Xuân Quế nộp đơn phản đối dự thảo kết luận xác minh và đề nghị cần xác minh tiếp để tìm ra sự thật. Tuy nhiên, Bộ GD-ĐT bất ngờ ban hành Kết luận 1254/KL-BGDDT do ông Bùi Văn Ga ký vào ngày 4-10 (sau 1 ngày ông Quế nộp đơn phản đối).
Ngày 11-10-2013, Bộ trưởng Bộ GD-ĐT tạo khi đó là ông Phạm Vũ Luận ra quyết định thu hồi bằng tiến sĩ của ông Hoàng Xuân Quế theo Quyết định 4674/QĐ-BGDDT.
Sau đó, ông Hoàng Xuân Quế đã nộp đơn khởi kiện và được Tòa án Nhân dân TP Hà Nội chấp nhận thụ lý.
Kết quả tại phiên tòa sơ thẩm hôm nay 14-12 cho thấy, tính thượng tôn pháp luật, xét xử công minh, khách quan, công tâm để trả lại danh dự cho ông Hoàng Xuân Quế đã bị một số cá nhân tại Đại học Kinh tế Quốc dân và Bộ GD-ĐT thực hiện sai các quy định của pháp luật gây ra trong suốt hơn 5 năm qua.