Ban Thường vụ Thành ủy cũng yêu cầu cấp ủy, chính quyền, sở ban ngành, MTTQ và tổ chức chính trị - xã hội phải động viên, khen thưởng kịp thời người tố cáo đúng và cơ quan, tổ chức, cán bộ, công chức làm tốt công tác bảo vệ người tố cáo. Ngược lại, đối với những trường hợp lợi dụng quyền phản ánh, tố giác, tố cáo để đe dọa, bôi nhọ, vu khống, thông tin sai sự thật làm ảnh hưởng đến các tổ chức, cá nhân liên quan, gây mất đoàn kết nội bộ thì cũng cần được xử lý nghiêm.
Theo Thông tri 28, người đứng đầu cấp ủy, chính quyền, cơ quan, đơn vị nâng cao trách nhiệm lãnh đạo, chỉ đạo bảo vệ người tố cáo thuộc phạm vi quản lý. Trường hợp buông lỏng lãnh đạo, quản lý, hoặc không làm hết trách nhiệm dẫn đến người dân, cán bộ, đảng viên thuộc phạm vi phụ trách bị trả thù, trù dập khi tố cáo, đấu tranh chống tham nhũng, lãng phí, tiêu cực thì phải chịu trách nhiệm trước cấp trên và bị xử lý trách nhiệm.
Thông tri 28 cũng giao Ban Cán sự đảng UBND TPHCM chỉ đạo UBND TP phối hợp sửa đổi quy chế bảo vệ và khen thưởng người phát hiện, tố cáo hành vi tham nhũng một cách cụ thể, chi tiết. Quy chế phải phân rõ trách nhiệm tổ chức, cá nhân bảo vệ người tố cáo, giải quyết yêu cầu được bảo vệ của người tố cáo. Cùng đó là hình thức khen thưởng thực sự khuyến khích người dân, cán bộ, đảng viên tố cáo (nhưng không để lộ, lọt thông tin, làm ảnh hưởng đến an toàn của người tố cáo).