Ngựa Przewalski được đặt tên theo nhà thám hiểm người Nga Nicolai Mikhailovich Przewalski, người đầu tiên phát hiện ra chúng vào khoảng năm 1880 tại khu vực sa mạc Gobi vào cuối thế kỷ 19. Dựa trên một công trình khảo cổ tại 2 địa điểm ở khu vực Bắc Kazakhstan, gồm Botai và Krasnyi Yar, các nhà khoa học đã phát hiện thực tế loài ngựa Przewalski có nguồn gốc từ những con ngựa được người dân Botai nuôi dưỡng cách đây khoảng 5.500 năm trước, đã bỏ trốn khỏi chủ nhân. Kết luận trong nghiên cứu này có thể giúp viết lại “cây gia đình” của loài ngựa, dựa trên một phân tích ADN mới về tổ tiên của chúng.