Đến chiều 3-9, lũ trên các sông đang lên nhanh và ở mức trên báo động 2 đến báo động 3 và tiếp tục lên. Nhiều vùng trũng thấp bị ngập sâu, chia cắt.
Tại Quảng Bình, tuyến đường về xã Tân Hóa (huyện Minh Hóa), đoạn qua ngầm Lạc Thiện ngập trên 1m khiến người và phương tiện không thể lưu thông. Nước lũ trên sông Rào Nan lên nhanh và gây ngập lụt ở xã Tân Hóa và xã Minh Hóa, khiến 2 địa bàn này bị cô lập với bên ngoài. UBND xã Trọng Hóa cho biết, hiện có 1 người mất tích là Hồ Thị Chăn (30 tuổi, trú bản Pa Chông).
Tại TP Vinh (Nghệ An), trong ngày 3-9, mưa to kéo dài liên tục trong nhiều giờ đã xảy ra ngập lụt nặng, khiến giao thông hỗn loạn. Nhiều trường mầm non, tiểu học, trung học cơ sở đã phải cho học sinh nghỉ học.
Tại Quảng Trị, tuyến đường Lìa vào 7 xã của huyện Hướng Hóa đã bị chia cắt vì nước dâng cao, gây ngập cầu tràn tại nhiều điểm thuộc xã Thuận, Long, Xy, A Xing; địa phương đã tổ chức di dời gần 100 hộ với hơn 200 nhân khẩu đến nơi an toàn.
Trong khi đó, tại Thừa Thiên - Huế, Hà Tĩnh bắt đầu từ 16 giờ ngày 3-9, hồ thủy điện A Lưới và Nhà máy thủy điện Hố Hô đã tiến hành xả tràn. Ông Lê Quang Vinh, Trưởng phòng NN-PTNT huyện Hương Khê, Hà Tĩnh, cho biết, hiện có 18/22 xã, thị trấn bị ngập lụt, gây chia cắt. Trong đó, 6 xã đã bị cô lập hoàn toàn. Mưa lớn khiến gần 1.000ha lúa hè thu và hoa màu có nguy cơ bị thiệt hại nặng.
Chiều tối 3-9, theo báo cáo của Bộ Chỉ huy Bộ đội Biên phòng tỉnh Hà Tĩnh, hiện có 9 người dân tộc Chứt ở bản Rào Tre (xã Hương Liên, huyện Hương Khê) vào rừng lấy lá nón từ ngày 2-9, đến nay mới liên lạc được 2 người, còn 7 người chưa liên lạc được. Tại Cà Mau, nhiều đợt mưa lớn kéo dài, kèm theo dông lốc làm nhiều cây xanh bị ngã, nhiều diện tích lúa hè thu đang thu hoạch rộ bị hư hại.