Tại phiên tòa có 6 bị cáo phải ra trước vành móng ngựa, gồm: Tạ Bá Long (nguyên Chủ tịch HĐQT GPBank), Đoàn Văn An (nguyên Phó Chủ tịch GPBank), Phạm Quyết Thắng (nguyên Tổng giám đốc GPBank), Nghiêm Tiến Sỹ (nguyên Phó Tổng giám đốc GPBank), Nguyễn Anh Dung (nguyên Kế toán trưởng GPBank) và Nguyễn Ngọc Nam (nguyên Giám đốc Công ty TNHH Thương mại và Công nghiệp Sao Bắc).
Tuy nhiên trong quá trình làm thủ tục trước tòa, một số luật sư bào chữa cho bị cáo Nguyễn Anh Dung đã đề nghị hoãn phiên tòa để có thời gian nghiên cứu kỹ hồ sơ. Đồng thời, bị cáo Đoàn Văn An cũng xin hoãn phiên tòa nhằm có thời gian thu xếp khắc phục hậu quả cho GPBank. Trước đề nghị trên, Hội đồng xét xử tiến hành hội ý và quyết định hoãn phiên tòa, đồng thời nhằm triệu tập một số người liên quan.
Theo cáo trạng của vụ án, GPBank có tiền thân là Ngân hàng CP Nông thôn Ninh Bình với vốn là 3.018 tỷ đồng. Trong đó, Tạ Bá Long và nhóm liên quan sở hữu gần 35% vốn, tương ứng với hơn 1.056 tỷ đồng. Còn Đoàn Văn An và nhóm liên quan sở hữu hơn 55% vốn, ứng với gần 1.670 tỷ đồng. Ngoài ra, Long cùng với một số người thân trong gia đình còn đứng ra lập Công ty CP Đầu tư Xây dựng và Phát triển Thành Trung (Công ty Thành Trung) với vốn điều lệ hơn 202 tỷ đồng. Công ty Thành Trung là cổ đông góp hơn 58% cổ phần tại Công ty Thủ Đô là đơn vị sở hữu tòa nhà Capital Tower (số 109, Trần Hưng Đạo, Hà Nội). Đối với bị cáo An cùng em vợ còn sở hữu 75% cổ phần tại Công ty TNHH Thương mại và Công nghiệp Sao Bắc (Công ty Sao Bắc) và sở hữu Công ty CP Sân gôn Ngôi sao Chí Linh.
Trong giai đoạn năm 2009 – 2010, để có tiền tăng vốn điều lệ GPBank và chi cá nhân, Long và An đã dùng các công ty của mình phát hành 3.380 trái phiếu để bán cho Công ty Tài chính CP Điện lực (EVN Finance) được hơn 3.380 tỷ đồng. Với số tiền bán trái phiếu trên, Long và An dùng 2.611 tỷ đồng mua cổ phần tăng vốn điều lệ GPBank lên 3.018 tỷ đồng, chi 512 tỷ đồng trả lãi trái phiếu và phí tư vấn phát hành trái phiếu và dùng 255 tỷ đồng cho hoạt động của các công ty con do của mình. Sau đó, do không có tiền trả cho EVN Finance nên Long và An đã thống nhất rút tiền của GPBank để trả nợ trái phiếu.
Để rút tiền từ GPBank, năm 2011, Long ký với con rể mình là Hoàng Công Hợp (cổ đông của Công ty Thành Trung) thỏa thuận GPBank mua 58% diện tích tại tòa nhà Capital Tower với giá 2.200 tỷ đồng. Việc này trái quy định bởi Công ty Thành Trung chưa được Công ty Thủ Đô (chủ sở hữu tòa nhà) chia cho diện tích sử dụng ứng với 58% cổ phần. Tiếp đó, Long ký với Nguyễn Ngọc Nam đồng xây dựng kinh doanh dự án “Trung tâm Thương mại, văn phòng và Nhà ở An Khánh Sao Bắc GPBank”. Qua đó, Phạm Quyết Thắng đã ký ủy nhiệm chi, chuyển 1.700 tỷ đồng cho Công ty Sao Bắc. Qua 2 hợp đồng trên, GPBank đã chuyển gần 3.900 tỷ đồng cho Long và An.
Các bị cáo đã dùng 3.793 tỷ đồng để mua lại 3.380 trái phiếu trước hạn và trả lãi số trái phiếu này, ngoài ra An chi dùng cá nhân hơn 103 tỷ đồng. Tính đến ngày 13-7-2015 khi vụ án bị khởi tố, các Công ty Thành Trung và Công ty Sao Bắc nợ GPBank gần 3.900 tỷ đồng tiền gốc và 858 tỷ đồng tiền lãi, không có khả năng thanh toán. Cơ quan chức năng cũng làm rõ, bị cáo Long phải chịu trách nhiệm về số tiền thất thoát là 1.389 tỷ, còn bị cáo An là 2.510 tỷ.