Công trình đưa vào sử dụng vào ngày 29-3-2015, nhưng đã 4 năm trôi qua, chủ đầu tư vẫn chưa được bố trí vốn thanh toán dự án. Doanh nghiệp phải gởi đơn cầu cứu đến Thủ tướng Chính phủ, Đoàn Đại biểu Quốc hội TP Đà Nẵng và các bộ ngành liên quan.
Trong đơn gởi Thủ tướng Chính phủ và các cơ quan, bộ ngành liên quan, chủ đầu tư nêu rõ: Theo kế hoạch, dự án đã được Chính phủ đồng ý thanh toán từ ngân sách hàng năm của Bộ GTVT, bắt đầu từ năm 2017 đến 2020. Hai năm đầu, mỗi năm thanh toán 30% giá trị hợp đồng. Năm 2019 và 2020, mỗi năm thanh toán 20% giá trị hợp đồng.
Tháng 11-2018, tại khoản 4, Điều 3 của Nghị quyết số 71/2018/QH14 của Quốc hội, phê duyệt thanh toán cho dự án nút giao thông khác mức Ngã Ba Huế 521 tỷ đồng từ nguồn dự phòng vốn ngân sách trung ương trong nước và đã giao cho Bộ GTVT. Ngày 9-1-2019, tại Quyết định số 23/QĐ-BKHĐT của Bộ KH-ĐT giao chi tiết kế hoạch đầu tư công trung hạn vốn ngân sách trung ương của Bộ GTVT, trong đó bố trí gần 33 tỷ đồng để thanh toán cho dự án trên. Nhà đầu tư đã nhiều lần làm việc với các bộ ngành về việc bố trí vốn thanh toán, nhưng đến nay các đơn vị liên quan vẫn chậm thực hiện.
Ngày 14-6-2019, tại điểm a, khoản 9, Điều 1 trong Nghị quyết số 84/2019/QH14, Quốc Hội giao Chính phủ chịu trách nhiệm rà soát lại danh mục, thủ tục đầu tư, phương án phân bổ, giao vốn bổ sung cho các bộ, ngành, địa phương và các dự án, trong đó có dự án nút giao thông khác mức Ngã Ba Huế.
Ngày 19-9-2019, trong báo cáo số 11010/BTC-ĐT của Bộ Tài chính gửi Thủ tướng Chính phủ về các vấn đề vướng mắc trong thanh toán cho nhà đầu tư một số dự án giao thông theo hình thức BT, đã đề cập đến dự án nút giao thông Ngã Ba Huế nằm trong danh mục dự án bổ sung vào kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016-2020, với số vốn 553,954 tỷ đồng; trong đó có 521 tỷ đồng từ nguồn dự phòng kế hoạch đầu tư công trung hạn đã được Thủ tướng Chính phủ giao cho Bộ GTVT tại Quyết định số 1891/QĐ-TTg ngày 31-12-2018. Tuy nhiên cho đến nay, nhà đầu tư vẫn chưa nhận được văn bản nào liên quan đến việc thanh toán số tiền trên.
