Ngoài lý do xây dựng nhiều công trình trên nền đất yếu và hoạt động giao thông diễn ra liên tục, việc sụt lún ở TPHCM còn có nguyên nhân từ việc khai thác nước ngầm. Theo nghiên cứu của Trường Đại học Bách khoa - Đại học Quốc gia TPHCM, nền đất yếu chiếm đến 60% diện tích đất của TPHCM, phân bố chủ yếu ở các quận 2, 4, 6, 7, 8, huyện Nhà Bè, Cần Giờ, dọc bờ sông Sài Gòn…
Góp ý các giải pháp hạn chế sụt lún cho TPHCM, các nhà khoa học cho rằng cần hạn chế tối đa việc khai thác nước ngầm, giảm mật độ xây dựng ở những nơi có nền đất yếu. Cần có những mô phỏng dự đoán tình trạng sụt lún ở các khu vực để từ đó có những giải pháp phù hợp trong việc quy hoạch, xây dựng phát triển đô thị.