Không khai được hải quan, dư luận và doanh nghiệp đặt dấu hỏi về phần mềm của hải quan cũng như có hay không sự trục lợi về chính sách xuất khẩu gạo. Về vấn đề này, trả lời báo chí, Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan Nguyễn Văn Cẩn khẳng định: Hệ thống thông quan điện tử của Hải quan Việt Nam được thông quan tự động trong nhiều năm qua. Việc đăng ký tờ khai, thủ tục hải quan thực hiện 24/7, không có ngày nghỉ, doanh nghiệp khai mọi lúc, mọi nơi. Đối với vấn đề xuất khẩu gạo, thực hiện quyết định của Thường trực Chính phủ và quyết định về xuất khẩu gạo theo hạn ngạch Bộ Công thương, từ 0 giờ ngày 12-4, hệ thống VNACCS của hải quan mở cho các doanh nghiệp tự động đăng ký tờ khai giống như các hàng hóa khác, chỉ khác là điều kiện giới hạn trong 400.000 tấn gạo theo hạn ngạch, khi đó hệ thống tự động dừng lại.
Thế nhưng, nhiều doanh nghiệp xuất khẩu gạo ở ĐBSCL bất bình, vì cử người thức cả đêm canh cũng không khai được (từ 0 giờ đến 3 giờ sáng là đã hết hạn ngạch), có doanh nghiệp sáng thức dậy nghe chuyện muốn rụng rời chân tay vì hợp đồng đã ký, hàng đã chuyển lên cảng hoặc đang trên tàu lên cảng, giờ biết làm thế nào? Hạn ngạch 400.000 tấn nhưng có doanh nghiệp đăng ký tới 96.000 tấn (chiếm 1/4 hạn ngạch) cũng không bị ngắt. Thậm chí, trong số các doanh nghiệp khai được hải quan có cả doanh nghiệp đã trúng thầu gạo dự trữ quốc gia nhưng “xù”, không ký hợp đồng và bỏ thầu, khiến kho gạo dự trữ hiện nay mới chỉ đạt 7.700 tấn trong tổng số 190.000 tấn gạo dự trữ quốc gia năm 2020 theo yêu cầu của Thủ tướng Chính phủ (dù Tổng cục Dự trữ nhà nước đã thấu thầu rộng rãi). Trong khi đó, dù đã hết hạn ngạch 400.000 tấn nhưng lượng gạo tồn đọng tại ĐBSCL còn rất lớn, khiến doanh nghiệp, địa phương lo lắng.
Vấn đề đặt ra là điều hành xuất khẩu gạo như thế nào cho minh bạch, trong điều kiện phải đảm bảo an ninh lương thực quốc gia và giúp nông dân tiêu thụ lúa gạo? Theo các doanh nghiệp xuất khẩu gạo và lãnh đạo các tỉnh, thành ĐBSCL, Bộ Công thương nên phân bổ hạn ngạch cho các địa phương có lợi thế về sản xuất lúa gạo, hoặc đấu giá hạn ngạch. Việc đấu giá dựa trên nguyên tắc, doanh nghiệp tham gia đấu giá đáp ứng điều kiện xuất khẩu theo quy định tại Nghị định 107. Ngoài ra, doanh nghiệp phải thực hiện hợp đồng cung ứng gạo cho dự trữ quốc gia và phải cam kết đảm bảo dự trữ lưu thông tối thiểu 5% tổng lượng hàng hóa xuất khẩu của doanh nghiệp trong 6 tháng trước, đảm bảo cung ứng ra thị trường khi Chính phủ và các bộ, ngành có yêu cầu. Đáp ứng các quy định đó, doanh nghiệp mới được tham gia đấu giá hạn ngạch.
Trong bối cảnh dịch bệnh còn diễn biến phức tạp, việc Chính phủ áp hạn ngạch xuất khẩu gạo là cần thiết, để đảm bảo an ninh lương thực quốc gia. Tuy nhiên, minh bạch trong điều hành ở cấp cơ sở thực thi hết sức cần thiết, nhằm tránh tình trạng “chạy quota” như đã từng diễn ra và càng không thể để mặt hàng chiến lược này bị thao túng.