Theo cáo trạng, trong năm 2010, Công ty Phú An Sinh do Phạm Văn Minh làm giám đốc đã nhận tạm ứng số tiền 51,5 tỷ đồng từ vốn ngân sách của UBND tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu để thực hiện 2 chương trình bình ổn giá do Sở Công Thương và chương trình dập dịch heo tai xanh do Sở NN-PTNT phối hợp với Sở Tài chính cùng thực hiện.
Tuy nhiên, Công ty Phú An Sinh đã sử dụng vốn tạm ứng trái phép, không đúng mục đích hợp đồng là mua hàng hóa bình ổn giá thị trường dịp Tết Tân Mão 2011 và thu mua giết mổ, trữ đông, bình ổn giá thị trường để phòng chống dịch bệnh heo tai xanh. Minh đã cố ý dùng tiền tạm ứng để thanh toán các khoản nợ, lãi vay, mua sắm và chi vào các hoạt động khác của Công ty Phú An Sinh dẫn đến không còn khả năng hoàn trả lại vốn cho ngân sách nhà nước.
Năm 2012, cơ quan CSĐT công an tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu đã khởi tố vụ án “Sử dụng trái phép tài sản”; "Thiếu tránh nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng" xảy ra tại Sở Công Thương và khởi tố bị can Phạm Văn Minh về tội “Sử dụng trái phép tài sản”.
Năm 2013, cơ quan CSĐT cũng khởi tố vụ án tại Sở NN-PTNT và sau nhiều lần sát nhập, đình chỉ điều tra, trả hồ sơ điều tra bổ sung, thay đổi nội dung thì đến năm 2016, TAND tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu xét xử sơ thẩm lần 1 và tuyên án bị cáo Phạm Văn Minh 19 năm tù về tội “Lạm dụng tín nhiệm, chiếm đoạt tài sản”.
Bản án sơ thẩm bị TAND Cấp cao tại TPHCM tuyên hủy, trả hồ sơ yêu cầu điều tra lại vào cuối năm 2016 do không có đủ căn cứ xác định hành vi phạm tội của bị cáo.
Trong quá trình điều tra, bị cáo và người nhà đã trả một phần số vốn đã tạm ứng. Bị cáo từng bị bắt tạm giam 2 lần để điều tra, lần thứ nhất từ tháng 7-2012 đến tháng 1-2013 và lần thứ 2 từ tháng 7-2016 đến tháng 1-2017 thì lại được cho tại ngoại.
Tháng 4-2020, Cơ quan CSĐT công an tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu ban hành kết luận điều tra vụ án và đến tháng 5-2020, VKSND cùng cấp ban hành cáo trạng truy tố bị cáo tội “Sử dụng trái phép tài sản”.
Tại phiên xét xử lần này, HĐXX vẫn tuyên bị cáo phạm tội “Sử dụng trái phép tài sản”. Tuy nhiên, do có chuyển biến pháp luật hình sự, hành vi phạm tội của bị cáo không còn nguy hiểm cho xã hội nên miễn trách nhiệm hình sự cho bị cáo. Ngoài ra, bị cáo phải tiếp tục hoàn trả cho Sở NN-PTNNT tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu số tiền 32,4 tỷ đồng.