Nguyên nhân là gói thầu CT5 (các công trình kiến trúc nhà ga depot) do Tổng công ty Xây dựng Hà Nội - Hancorp thực hiện chậm. Gói thầu này có trị giá gần 800 tỷ đồng, tiến độ tổng thể mới đạt hơn 77%, dự kiến tháng 12 mới hoàn thành. Hiện nhà thầu đã hoàn thiện các thủ tục ký hợp đồng nội bộ với một số nhà thầu phụ để thi công trên công trường.
Tuy nhiên, đến ngày 25-7, nhà thầu vẫn chưa triển khai 3 ca đồng loạt theo cam kết và theo chỉ đạo của UBND TP Hà Nội. Bên cạnh đó, ở gói thầu số 3 (công trình ngầm), nhà thầu nước ngoài cũng đang đe dọa chấm dứt hợp đồng do chậm bàn giao và giải phóng mặt bằng. Gói thầu số 3 hiện đã bị dừng 1 năm, từng bị nhà thầu yêu cầu chủ đầu tư bồi thường 81 triệu USD do chậm giải ngân và bàn giao mặt bằng.
Mới đây, liên danh các nhà tài trợ gồm Ngân hàng Phát triển châu Á, Cơ quan Phát triển Pháp và Tổng cục Kho bạc Pháp cũng đã có thư gửi Thủ tướng đề nghị tháo gỡ khó khăn cho dự án Metro Nhổn - ga Hà Nội, trong đó đánh giá Hancorp không đủ năng lực hoặc không quyết tâm hoàn thành hợp đồng đã ký kết, gây thiệt hại tài chính.
